结论前置：两个公司由同一个法人代表，分别投不同的项目，在法律上通常没有直接的禁止性规定，但可能会受到一些实际限制和潜在风险的影响，具体需结合项目性质、招标文件要求及公司间关系等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 法律层面：

   • 一般规定：我国法律并未明确禁止同一法人代表下的不同公司参与同一招标人的不同项目投标。只要各公司均具备独立法人资格，且符合招标文件对投标人的资格要求，理论上可以分别投标。
   • 特殊限制：然而，若招标项目之间存在关联性，如属于同一大项目下的不同标段，或招标文件中有特别规定（如限制同一法人代表下的多家公司同时投标），则需遵守这些特殊规定。

2. 实际操作层面：

   • 项目独立性：若两个项目完全独立，无任何关联，且招标文件未对投标人关系作出限制，那么同一法人代表下的不同公司分别投标，通常不会受到阻碍。
   • 招标人偏好：尽管法律上可能无限制，但招标人可能出于管理、风险控制等考虑，在招标文件中设置某些条款，如要求投标人提供无关联关系证明，或限制同一法人代表下的多家公司同时中标等。因此，在投标前，应仔细阅读招标文件，了解招标人的具体要求。

3. 潜在风险：

   • 利益冲突：若两个公司之间存在利益关系（如母子公司、关联公司等），且投标项目之间存在某种程度的关联或竞争，可能会引发利益冲突问题。这不仅可能影响投标的有效性，还可能对公司的声誉和长期发展造成不利影响。
   • 串标风险：在同一法人代表下，若不同公司之间存在不正当的串通投标行为（如协商报价、轮流中标等），将构成串标行为，严重违反招标投标法律法规，可能面临法律制裁。

4. 建议措施：

   • 仔细审查招标文件：在投标前，务必仔细阅读招标文件，了解招标人对投标人的资格要求、项目关联性限制等关键信息。
   • 保持公司独立性：确保参与投标的各公司之间保持独立的法人地位，避免存在不当的利益关系或串标行为。
   • 咨询专业意见：若对招标文件或投标过程存在疑问，建议及时咨询专业律师或招标代理机构，以确保投标行为的合法性和有效性。

总结：同一法人代表下的不同公司分别投不同的项目，在法律上通常无直接禁止，但需关注招标文件的特殊要求、项目间的关联性以及潜在的利益冲突和串标风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。