结论：单位股权转让后，新股东不认可员工工龄的问题，需根据具体情况，结合相关法律法规及股权转让协议的内容来综合判断和处理。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、股权转让与员工工龄的关联性
股权转让的性质：股权转让是公司股东依法将自己的股东权益有偿转让给他人，使他人取得股权的民事法律行为。这一行为主要涉及公司股东之间的权益变动，原则上不影响公司与员工之间的劳动关系及员工的工龄计算。
员工工龄的认定：员工工龄通常是指员工在公司的工作年限，是计算员工经济补偿、年假、社保缴纳等权益的重要依据。工龄的认定一般依据员工与公司签订的劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录等证据来确定。
二、新股东不认可员工工龄的可能原因及处理
股权转让协议中的约定：
- 如果股权转让协议中明确约定了新股东不承担原股东与员工之间的劳动关系及工龄相关责任，那么新股东可能以此为由不认可员工工龄。但此种约定仅对股权转让双方具有约束力，不能对抗员工。员工仍有权依据劳动合同法等相关法律法规，向公司主张其工龄相关的权益。
- 如果股权转让协议中未对员工工龄问题作出明确约定，新股东则无权单方面不认可员工工龄。新股东应继承原股东在公司中的权利和义务，包括与员工之间的劳动关系及工龄相关责任。
新股东的实际操作：
- 即使股权转让协议中未对员工工龄问题作出明确约定，新股东也可能出于各种原因（如降低成本、调整公司结构等）不认可员工工龄。这种情况下，员工可以首先与公司（包括新股东）进行协商，寻求解决方案。
- 如果协商无果，员工可以依据劳动合同法等相关法律法规，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司确认其工龄并支付相应的经济补偿等。
三、法律建议
对于员工：
- 保留好与公司签订的劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录等证据，以证明自己的工龄。
- 在股权转让过程中，关注股权转让协议的内容，特别是关于员工工龄问题的约定。
- 如遇新股东不认可工龄的情况，首先与公司协商解决；协商无果的，及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
对于公司（包括新股东）：
- 在股权转让协议中明确约定员工工龄问题的处理方式，避免后续纠纷。
- 尊重并继承原股东在公司中的权利和义务，包括与员工之间的劳动关系及工龄相关责任。
- 如遇员工主张工龄相关权益的情况，积极与员工协商解决；协商无果的，依法应对劳动争议仲裁或诉讼。
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