要获取实质性证据去法院起诉，核心在于合法收集能证明你老公与小三非法同居及共同经营店铺的相关证据。以下是具体操作方向及注意事项：
一、关于非法同居的证据收集
- 居住场所相关证据
- 照片与视频：在确保不侵犯他人隐私权等合法权益的前提下，拍摄你老公与小三共同进出居住场所（如出租屋、购买的房屋等），以及在居住场所内共同生活的场景照片或视频。比如，拍摄到两人在同一房间内休息、一起做饭等日常生活的画面。但要注意拍摄时不能采用非法手段，如私闯民宅、在他人住宅内安装摄像头等。
- 证人证言：寻找了解情况的邻居、物业工作人员等作为证人。他们可能目睹过你老公与小三频繁一同出入居住场所，或者听到过两人在居住场所内的对话等情况。与证人沟通时，要如实告知情况，并记录下他们的陈述内容，最好能让证人出具书面证言，并签字确认。
- 租赁合同或购房合同等：如果居住场所是租赁的，尝试获取租赁合同，合同上可能会有两人的共同签字或者能证明两人共同居住的相关信息；如果是购买的房屋，相关的购房手续、房产证明等也可能间接证明两人的居住关系。不过，获取这些文件可能存在一定难度，需要通过合法途径，比如与房东沟通协商（在房东愿意配合的情况下），或者通过法律程序申请调查取证。
- 生活痕迹证据
- 水电费、物业费等缴费记录：这些记录可以显示居住场所的使用情况。如果缴费记录上有你老公与小三的名字，或者缴费时间、金额等能反映出两人长期共同居住在该场所，那么这些记录就可以作为证据。你可以向相关部门申请查询并获取这些缴费记录，但可能需要提供一定的身份证明和合理的理由。
- 共同生活用品购买记录：比如两人一起购买家具、家电、生活用品等的发票、收据等。这些记录可以证明两人在居住场所内共同生活，有共同的生活需求和消费行为。你可以通过保留自己发现的这些票据，或者向商家查询相关购买信息（在商家愿意配合且不违反法律规定的情况下）来获取。
二、关于共同经营店铺的证据收集
- 店铺登记信息
- 工商登记资料：到工商行政管理部门查询店铺的登记信息，包括营业执照、股东信息、合伙人信息等。如果店铺登记有你老公和小三的名字，或者能证明两人共同参与店铺的经营决策、管理等情况，那么这些资料就是有力的证据。你可以按照工商部门的要求，提供相关身份证明和申请材料，申请查询并获取这些资料。
- 经营过程证据
- 合同与协议：收集店铺与供应商、客户等签订的合同、协议等文件。如果这些文件上有你老公和小三的共同签字，或者能体现出两人在店铺经营中的分工合作，比如一人负责采购，一人负责销售等，那么这些合同和协议就可以证明两人共同经营店铺。
- 财务记录：包括店铺的账本、财务报表、银行流水等。这些记录可以反映店铺的资金往来情况，如果资金往来与你老公和小三的个人账户有关，或者能证明两人在店铺经营中有经济利益的关联，那么就可以作为共同经营店铺的证据。获取这些财务记录可能需要一定的技巧和合法途径，比如与店铺的财务人员沟通（在财务人员愿意配合的情况下），或者通过法律程序申请调查取证。
- 店铺宣传资料：如店铺的招牌、宣传海报、广告等，上面可能会标注有你老公和小三的联系方式、身份信息等，或者能体现出两人共同经营店铺的宣传内容。你可以拍摄这些宣传资料作为证据，但要注意拍摄的合法性和完整性。
三、起诉的相关注意事项
- 确定起诉的案由：根据你收集到的证据和具体情况，确定是以离婚纠纷起诉（如果目的是离婚并要求赔偿）还是以其他相关案由起诉。如果是离婚纠纷，你可以在起诉状中要求法院判决离婚，并要求你老公承担因与他人非法同居给你造成的精神损害赔偿等；如果是其他案由，比如确认共同经营关系等，要根据具体法律规定和证据情况进行起诉。
- 证据的整理与提交：将收集到的证据进行整理，按照一定的逻辑顺序排列，并制作证据清单。在起诉时，将证据清单和证据材料一并提交给法院。证据要真实、合法、关联，能够形成一个完整的证据链，以支持你的诉讼请求。
- 寻求法律帮助：在整个过程中，如果你遇到法律问题或不确定如何操作，可以随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和指导，帮助你更好地维护自己的合法权益。
在收集证据的过程中，一定要遵守法律法规，不得采用非法手段获取证据，否则可能会导致证据无效，甚至可能面临法律责任。