在仲裁过程中发现主体错误，仲裁委通常会根据具体情况采取以下措施进行处理：
确认并立即更正
- 一旦发现劳动关系主体可能存在错误，应立即进行核实和确认。这包括审查劳动合同、工资单、社保缴纳记录等能证明实际劳动关系的文件。
- 确认存在主体错误后，应尽快向仲裁委员会提出书面更正申请，详细说明错误的具体原因，如资料提交时的疏忽、对新法律法规理解不准确等，并提供充分的证据来支持更正申请。
根据仲裁委员会意见调整仲裁请求
- 同意更正：如果仲裁委员会同意更正，申请人需及时修改原有的仲裁申请书，重新明确正确的劳动关系主体，并继续参与接下来的仲裁程序。此时，应确保所有提交的材料和证据都围绕新的主体进行，以保证仲裁的顺利进行。
- 不同意更正或涉及新争议点：如果仲裁委员会不同意更正，或者认为这涉及到新的争议点，申请人需要考虑是否撤回当前的仲裁申请，并针对正确的劳动关系主体重新提起仲裁。在撤回并重新申请时，应注意遵守仲裁时效的规定，避免因超过时效而丧失胜诉权。
与对方当事人及时沟通
- 在整个过程中，与对方当事人进行及时沟通至关重要。申请人应将发现错误的情况以及正在采取的措施告知对方当事人，以避免因信息不对称而产生不必要的误解或冲突。同时，也可以尝试在沟通过程中寻求双方都能接受的解决方案。
按仲裁规则处理
- 继续审理：在某些情况下，如果主体错误不影响案件的实质审理，且双方对劳动关系的实际主体并无争议，仲裁机构可能会继续审理案件，并根据查明的实际劳动关系主体情况作出裁决。
- 驳回仲裁申请：若主体错误导致无法确定真正的劳动关系主体，且申请人无法提供有效证据证明正确的主体，或者申请人拒绝按照仲裁机构的要求变更主体，仲裁机构可能会驳回申请人的仲裁申请。此时，申请人若对驳回决定不服，可以在规定的期限内向人民法院提起诉讼。
考虑法律诉讼
- 如果因为劳动关系主体的错误导致权益受到损害，且在仲裁阶段无法得到满意解决，申请人可以考虑在仲裁结束后向法院提起诉讼，要求赔偿因此造成的损失。但这一步需要谨慎考虑，并在专业律师的指导下进行。
示例说明：
假设某员工在申请劳动仲裁时，误将劳务派遣公司列为被申请人，而实际用工单位为A公司。在仲裁过程中，该员工发现了这一错误，并立即向仲裁委员会提交了书面更正申请，附上了派遣协议、工资发放记录等证据，申请变更被申请人为A公司。仲裁委员会在审查后，同意了该员工的更正申请，并继续审理案件，最终根据查明的实际劳动关系主体情况作出了裁决。
关键注意事项：
- 时效风险：更正主体可能导致仲裁时效中断或重新计算，需在法定时效内完成变更流程。
- 证据要求：需提供充分证据证明原主体错误及新主体的合法性（如营业执照、劳动关系证明等）。
- 法律后果：若因故意隐瞒或虚构主体导致仲裁结果错误，可能面临罚款、败诉风险甚至刑事责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。