针对您提出的“没有教师资格证的残疾教辅人员年底考核基本合格是否合法”的问题，这需要从多个角度来综合分析。

首先，我们要明确的是，教师资格证是从事教育教学工作的基本法律要求。根据《中华人民共和国教师法》以及《教师资格条例》的相关规定，取得教师资格应具备教育教学能力，这其中包括符合国家规定的从事教育教学工作的身体条件。对于残疾人士，虽然近年来教育部等部门已经在积极推动视障、听障人员申请教师资格的试点工作，并放宽了部分体检条件，但总体上，教师资格证仍然是从事教师职业的基本准入条件。

接下来，我们分析残疾教辅人员的情况。教辅人员在学校中通常承担辅助教学、管理等工作，其职责与一线教师有所不同。然而，如果教辅人员的工作内容涉及到直接的教学活动，或者其职位被明确要求需要具备教师资格证，那么没有教师资格证的残疾教辅人员可能就不符合该职位的基本要求。

再来看年底考核的问题。年底考核是对员工一年来工作表现的全面评价，其结果通常与员工的薪酬、晋升、奖惩等挂钩。如果考核标准中明确规定了需要具备教师资格证作为合格或优秀的基本条件，那么没有教师资格证的残疾教辅人员被评为基本合格可能就不完全符合考核标准的设定。但另一方面，如果考核标准更加注重员工的工作态度、工作能力、工作成果等实际表现，而教师资格证只是其中的一个参考因素，并非决定性因素，那么没有教师资格证的残疾教辅人员被评为基本合格也有可能是合理的。

此外，我们还需要考虑到残疾人士的特殊情况和国家的相关政策。国家一直在积极推动残疾人就业，鼓励和支持残疾人参与社会生活和工作。对于残疾教辅人员，如果其因为身体条件等原因无法取得教师资格证，但其在工作中表现出色，为学校和学生做出了积极贡献，那么学校在年底考核时也应该给予充分的认可和肯定。

综上所述，没有教师资格证的残疾教辅人员年底考核基本合格是否合法，并不能一概而论。这取决于多个因素的综合考量，包括教辅人员的具体工作内容、考核标准的设定、残疾人士的特殊情况以及国家的相关政策等。如果教辅人员的工作内容不直接涉及教学活动，或者考核标准更加注重实际工作表现而非教师资格证这一单一因素，同时考虑到残疾人士的特殊情况和国家的就业政策，那么没有教师资格证的残疾教辅人员被评为基本合格也有可能是合理的。但如果考核标准中明确规定了需要具备教师资格证作为合格或优秀的基本条件，且教辅人员的工作内容涉及到直接的教学活动，那么这种情况就可能存在不合规的问题。