针对菜市场摊贩不在指定区域经营的问题，这确实是一个需要规范和管理的现象，它不仅影响市容环境，还可能对交通、公共安全等方面造成不良影响。以下是根据相关法规和指导意见，给出的详细处理建议：
一、法规依据
北京市相关规定：
- 根据《北京市市容环境卫生条例》第三十五条，任何单位和个人不得擅自占用城市道路、人行过街桥、人行地下过街通道及其他公共场所堆物堆料、摆摊设点，影响市容环境卫生。违反规定的，将责令改正，没收违法所得和非法财物，并可处500元以上5000元以下的罚款。
- 《北京市小规模食品生产经营管理规定》第二十四条也明确指出，食品摊贩超出备案载明的经营区域、经营时段从事食品生产经营活动的，由城管执法部门依照相关法律、法规予以处罚。
上海市相关规定：
- 上海市绿化市容局等部门联合制定的《关于进一步规范设摊经营活动的指导意见(试行)》中，也明确严禁无序设摊和跨门经营，单位和个人不得擅自占用道路、桥梁、人行天桥、地下通道及其他公共场所设摊经营。
二、处理建议
加强宣传教育：
- 通过宣传栏、广播、社区公告等方式，向摊贩和市民普及相关法规，提高大家的法律意识和规范经营的意识。
明确划定经营区域：
- 政府或相关部门应根据区域特点和实际需求，合理划定设摊经营区域，明确经营时段、业态以及管理要求等，并向社会公布。
加强巡查和监管：
- 城管执法部门应加强对菜市场周边区域的巡查力度，及时发现并制止摊贩不在指定区域经营的行为。
- 对于屡教不改的摊贩，可以依法进行处罚，包括罚款、没收违法所得和非法财物等。
提供疏导和安置：
- 对于因生活困难等原因而擅自设摊的摊贩，政府或相关部门可以提供一定的疏导和安置措施，如引导他们进入指定的经营区域经营，或者提供其他合法的就业机会。
鼓励社会监督：
- 鼓励市民积极参与市容环境管理，对于发现的摊贩不在指定区域经营的行为，可以向城管执法部门举报。
三、后续管理
建立长效管理机制：
- 政府或相关部门应建立长效的管理机制，定期对菜市场周边区域进行巡查和整治，确保摊贩在指定区域规范经营。
加强部门协作：
- 城管、市场监管、公安等部门应加强协作，形成合力，共同打击摊贩不在指定区域经营的行为。
持续优化商业布局：
- 根据市场需求和城市发展需要，持续优化商业布局，为摊贩提供更多的合法经营空间，减少无序设摊的现象。
综上所述，处理菜市场摊贩不在指定区域经营的问题需要政府、相关部门和市民的共同努力。通过加强宣传教育、明确划定经营区域、加强巡查和监管、提供疏导和安置以及鼓励社会监督等措施，可以有效规范摊贩的经营行为，维护市容环境和公共秩序。