结论前置：农村盖厂房时，若西邻居的建筑遮挡了您厂房的采光，是否违法需根据具体情况判断，但通常若该遮挡行为违反了国家关于采光的相关规定，则可能构成侵权。
一、法律依据与采光权保护
《中华人民共和国民法典》第二百九十三条：明确规定建造建筑物，不得违反国家有关工程建设标准，不得妨碍相邻建筑物的通风、采光和日照。这是处理相邻关系中采光权益纠纷的基本法律依据。
《中华人民共和国城乡规划法》：该法规定了建筑物建设需符合城乡规划，包括建筑间距、日照标准等，以确保相邻建筑物的采光权不受侵害。
二、判断遮挡是否违法的关键因素
建筑间距与日照标准：
- 农村地区虽可能未直接适用《城市居住区规划设计标准》中的具体日照时间要求，但建筑间距仍需满足一定的合理标准，以确保相邻建筑物的采光。
- 若西邻居的建筑与您厂房的间距过小，导致您厂房在白天长时间无法获得自然光照，可能构成采光侵权。
规划审批与违建认定：
- 若西邻居的建筑未经规划审批或未按照审批要求建设，属于违建，其遮挡行为更可能被认定为违法。
- 您可向当地城乡规划主管部门查询该建筑的审批情况，以确认其合法性。
三、维权途径与建议
友好协商：
- 首先尝试与西邻居进行友好沟通，说明采光受影响的情况，寻求双方都能接受的解决方案，如调整建筑布局、增加采光设施等。
请求调解：
- 若协商无果，可请求村委会、乡镇政府等基层组织进行调解。这些组织通常具有丰富的调解经验，能够协助双方达成和解。
向规划部门反映：
- 若怀疑西邻居的建筑存在违建情况，可向当地城乡规划主管部门反映，由其对建设行为的合法性进行审查，并依法处理。
提起诉讼或仲裁：
- 若上述途径均无法解决问题，且您有充分证据证明采光权受到侵害，可向人民法院提起民事诉讼或选择仲裁方式，要求侵权方承担相应的赔偿责任或排除妨碍。
- 在诉讼或仲裁过程中，需提供房屋朝向勘测报告、照片、本地区季风光照资料、建筑规划布置图等证据材料，以支持您的主张。
四、预防措施与建议
提前规划与沟通：
- 在建房前，主动与相邻方进行沟通，了解他们的需求和意见，共同商讨建房方案，避免后期产生纠纷。
- 在设计建房方案时，应充分考虑相邻关系，确保新建房屋不会侵犯相邻建筑物的采光权。
遵守法规与办理审批：
- 严格遵守国家法律法规和当地政策规定，办理相关审批手续，确保建房行为的合法性。
- 未经审批或未按照审批要求建设的建筑，可能面临被拆除或罚款的风险。
保留证据与及时维权：
- 在建房过程中及建成后，注意保留相关证据材料（如建房图纸、施工记录、现场照片等），以备不时之需。
- 若发现采光权受到侵害，应及时采取措施进行维权，避免损失扩大。
总结：农村盖厂房时，若西邻居的建筑遮挡了您厂房的采光，是否违法需根据具体情况判断。若该遮挡行为违反了国家关于采光的相关规定或构成违建，则可能构成侵权。您可通过友好协商、请求调解、向规划部门反映或提起诉讼等途径进行维权。同时，建议在建房前提前规划与沟通、遵守法规与办理审批、保留证据与及时维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。