结论：在合作协议约定合作到期后甲方需退还乙方股金，但到期后甲方不愿意退还的情况下，乙方可以通过法律途径解决，即向人民法院提起诉讼。
法律背景与依据：
合同效力：合作协议是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，因此该协议具有法律效力。双方均应按照协议约定履行各自的义务。
违约责任：甲方在合作到期后不愿意退还乙方股金，这构成了对合作协议的违约。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
诉讼权利：乙方作为合作协议的守约方，有权要求甲方按照协议约定退还股金。在甲方拒绝履行的情况下，乙方可以向人民法院提起诉讼，要求甲方承担违约责任，并退还股金。
法律建议：
收集证据：乙方在提起诉讼前，应收集并整理好与合作协议相关的所有证据，包括合作协议文本、股金支付凭证、合作期间的往来函件等。这些证据将有助于证明乙方的诉求和甲方的违约行为。
咨询律师：虽然乙方可以自行提起诉讼，但考虑到法律程序的复杂性和专业性，建议乙方在提起诉讼前咨询专业律师。律师可以为乙方提供法律意见，帮助乙方制定诉讼策略，并代表乙方出庭应诉。
提起诉讼：在收集好证据并咨询律师后，乙方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，乙方应积极配合法院的调查和审理工作，并按照法院的要求提供相关证据和材料。
可能的法律后果：
甲方败诉：如果法院认定甲方存在违约行为，并判决甲方退还乙方股金及可能产生的利息或违约金等，那么甲方需要按照判决结果履行义务。如果甲方拒不履行，乙方可以申请法院强制执行。
诉讼风险：虽然乙方有权提起诉讼，但诉讼过程中也存在一定的风险。例如，如果乙方提供的证据不足或存在瑕疵，可能导致法院无法支持乙方的诉求。因此，乙方在提起诉讼前应充分评估诉讼风险，并做好相应的准备。
总结与进一步思考：
在合作协议纠纷中，当一方违约时，另一方有权通过法律途径维护自己的合法权益。乙方在遇到甲方不愿意退还股金的情况时，应积极收集证据、咨询律师并提起诉讼。同时，乙方也应充分评估诉讼风险，并做好相应的准备。如果乙方在诉讼过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。