结论：当原告提交的材料显示原告与被告之间存在两个基础法律关系时，通常建议分案起诉，这主要是基于诉讼效率、法律关系清晰性以及法院管辖权等方面的考虑。以下是对此问题的详细分析：

1. 诉讼效率与成本：

   • 分案起诉的优势：每个案件只涉及一个基础法律关系，使得案件事实更加清晰，法律适用更加明确，从而有助于法院更快地审理案件，提高诉讼效率。同时，对于原告而言，分案起诉可以避免因多个法律关系交织在一起而导致的诉讼复杂性和不确定性，降低诉讼成本。
   • 合并起诉的潜在问题：如果合并起诉，法院可能需要花费更多时间来梳理案件事实，确定法律关系，这可能导致诉讼周期延长，增加当事人的诉讼负担。

2. 法律关系清晰性：

   • 分案起诉的明确性：每个案件只处理一个法律关系，使得案件的法律性质、权利义务关系更加明确，有助于法院作出准确的判决。
   • 合并起诉的混淆风险：多个法律关系合并起诉可能导致案件事实复杂，法律关系混淆，增加法院审理的难度，也可能影响判决的准确性和公正性。

3. 法院管辖权：

   • 分案起诉与管辖权：不同的法律关系可能涉及不同的法院管辖权。分案起诉可以确保每个案件都由具有管辖权的法院审理，避免管辖权争议。
   • 合并起诉的管辖权问题：如果合并起诉，可能需要考虑多个法律关系的管辖权问题，这可能导致管辖权争议，影响诉讼的顺利进行。

4. 实际操作建议：

   • 评估法律关系：在决定是否分案起诉前，原告应仔细评估与被告之间的法律关系，确定是否确实存在两个或更多独立的基础法律关系。
   • 咨询专业律师：由于法律关系的复杂性和多样性，原告在决定是否分案起诉前，应咨询专业律师的意见，以确保诉讼策略的合理性和有效性。
   • 准备充分证据：无论选择分案起诉还是合并起诉，原告都应准备充分的证据来支持自己的主张，以确保诉讼的胜诉率。

特殊情况说明：虽然通常建议分案起诉，但在某些特殊情况下，如多个法律关系之间存在紧密的关联性或相互依赖关系，合并起诉可能更为合适。这需要根据具体案件情况来判断，并咨询专业律师的意见。

后续行动建议：如果您作为原告面临此类情况，建议您首先仔细分析与被告之间的法律关系，评估是否确实存在两个或更多独立的基础法律关系。然后，咨询专业律师的意见，以确定最佳的诉讼策略。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。