结论：借款合同被认定为非法集资时，担保人是否应承担责任，需根据担保合同的有效性、担保人的知情程度及是否存在过错等因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、担保合同的有效性
主合同无效，担保合同通常无效：
- 根据《民法典》的相关规定，主债权债务合同无效的，担保合同亦无效，但法律另有规定的除外。在非法集资的情况下，借款合同（主合同）因非法目的而无效，因此担保合同（从合同）通常也会被认定无效。
特殊约定情形：
- 如果担保合同中明确约定了即使主合同无效，担保合同仍然有效的条款，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么担保合同可能会被认定为有效。在此情况下，担保人需按照担保合同的约定承担担保责任。但此类约定在司法实践中的认定较为严格，需满足特定条件。
二、担保人的知情程度与过错判断
无过错情况：
- 如果担保人对债务人非法集资的情况并不知情，且在主观上没有过错（如被债务人欺骗），那么担保人不承担民事责任。这是因为担保人没有参与非法集资活动，也没有从中获利，因此不应承担由此产生的法律责任。
有过错情况：
- 当担保人明知或者应当知道债务人进行非法集资活动仍提供担保时，担保人存在过错。根据相关司法解释，担保人有过错的，其承担民事责任的部分，不应超过债务人不能清偿部分的三分之一。这是因为担保人在提供担保时应当尽到合理的审查义务，如果未尽到该义务而提供了担保，则应承担相应的法律责任。
三、具体责任形式与免责情形
具体责任形式：
- 如果担保合同有效，担保人需按合同约定承担担保责任，如连带责任保证或一般保证。在连带责任保证中，担保人需与债务人对债务承担连带责任，债权人可要求任一者履行债务；在一般保证中，担保人仅在债务人不能履行债务时承担责任。
免责情形：
- 若担保人是被债务人欺骗进行担保，且能提供足够证据证明自己的不知情，则不对担保债务承担责任。此外，若主合同当事人双方串通骗取保证人提供保证，或债权人采取欺诈、胁迫等手段使保证人在违背真实意思的情况下提供保证，保证人同样不承担民事责任。
四、刑事责任风险
- 若担保人明知是对非法集资行为提供担保，或参与非法集资的策划、实施，可能被视为非法集资的共犯，需承担刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法集资数额较大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；数额巨大或有其他严重情节的，处七年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。
综合建议
面对借款合同被认定为非法集资时担保人的责任问题，建议担保人积极配合相关部门调查，如实陈述事实，提供相关证据。同时，担保人应及时寻求专业律师的帮助，以准确了解自己的权利和义务，并采取相应措施维护自身合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。