针对甲方未签合同但已入股资金的处理，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若双方已实际履行入股义务（如资金到账、参与经营），但未签书面合同

   • 法律性质认定：根据《民法典》第490条，未采用书面形式但一方已履行主要义务且对方接受的，合同成立。因此，若甲方已实际出资并参与公司管理，可主张双方存在事实上的股权关系。
     
   • 处理建议：
     
     • 补签合同：优先与对方协商补签书面入股协议，明确股权比例、权利义务等条款，避免后续纠纷。
       
     • 固定证据：若协商不成，需收集转账记录、股东会决议、分红记录等证据，证明实际出资及股东身份。
       
     • 诉讼确认：若对方否认股权关系，可向法院起诉要求确认股东资格，并依据《公司法解释三》第22条主张权利。
       

2. 若甲方仅支付资金，但未实际履行股东义务（如未参与经营、未登记）

   • 法律风险：若未签订合同且未完成工商登记，甲方可能仅被认定为“债权人”而非股东，资金可能被认定为借款或预付款。
     
   • 处理建议：
     
     • 协商退款：若对方拒绝确认股权，可要求返还资金，并主张利息损失（若存在约定或对方过错）。
       
     • 诉讼主张：若协商无果，可起诉要求返还资金，并依据《民法典》第577条主张违约责任（如对方未履行入股承诺）。
       

3. 若涉及公司增资扩股未签合同

   • 法律程序：根据《公司法》第43条，增资需经代表三分之二以上表决权的股东通过，并办理工商变更登记。若未履行法定程序，增资可能无效。
     
   • 处理建议：
     
     • 完善程序：督促公司召开股东会补签决议，并办理工商变更登记，确保增资合法有效。
       
     • 主张权利：若公司拒绝配合，可起诉要求确认增资无效或返还资金，并追究相关责任人责任。
       

总结：未签合同入股资金的处理需结合实际履行情况、证据充分性及公司程序合规性综合判断。建议优先协商补签合同或固定证据，若协商无果，及时通过法律途径维护权益。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。