法院判决的劳动关系申请工伤赔偿，并不必然比仲裁的困难些，这主要取决于案件的具体情况、证据的充分性以及法律适用的明确性。以下从几个角度进行详细分析：

一、程序复杂性与时间成本

1. 仲裁程序：劳动仲裁是工伤赔偿纠纷的前置程序，通常较为迅速，且程序相对简单。仲裁机构在受理案件后，会组织双方进行调解或开庭审理，并作出裁决。这一过程通常较为高效，能够在较短时间内解决纠纷。
2. 诉讼程序：如果一方对仲裁裁决不服，可以向法院提起诉讼。诉讼程序相对复杂，需要经历起诉、受理、审理、判决等多个阶段。虽然诉讼程序提供了更全面的救济途径，但也可能增加时间成本和诉讼费用。然而，这并不意味着诉讼就一定比仲裁困难，因为诉讼程序也提供了更严格的证据规则和更全面的法律适用。

二、证据要求与法律适用

1. 证据要求：无论是仲裁还是诉讼，证据都是决定案件胜负的关键因素。在工伤赔偿纠纷中，需要证明劳动关系、工伤事实以及赔偿标准等。如果证据充分、确凿，那么无论是仲裁还是诉讼，都能够顺利解决纠纷。反之，如果证据不足或存在争议，那么可能需要更复杂的法律分析和更充分的证据支持。
2. 法律适用：工伤赔偿纠纷涉及的法律条款和司法解释较多，且可能因地区、行业等因素而有所不同。在仲裁和诉讼过程中，都需要准确适用相关法律条款和司法解释。如果法律适用明确、无争议，那么案件处理起来相对容易；如果法律适用存在争议或模糊之处，那么可能需要更深入的法律分析和更充分的论证。

三、实际操作中的考量

1. 仲裁与诉讼的衔接：在实际操作中，仲裁和诉讼并不是完全独立的两个程序。如果一方对仲裁裁决不服提起诉讼，法院在审理时会考虑仲裁裁决的内容和依据。因此，即使案件进入诉讼程序，也不意味着完全从头开始，而是可以在仲裁的基础上进行进一步审理和判断。
2. 专业律师的协助：无论是仲裁还是诉讼，专业律师的协助都是非常重要的。律师能够提供专业的法律意见和策略建议，帮助当事人更好地准备证据、陈述事实和适用法律。因此，在工伤赔偿纠纷中，寻求专业律师的协助是提高胜诉率和降低风险的关键。

四、建议与总结

1. 充分准备证据：在工伤赔偿纠纷中，证据是决定胜负的关键。因此，当事人应尽可能收集、保存和整理与案件相关的证据材料，如劳动合同、工资单、医疗证明等。
2. 寻求专业律师的协助：专业律师能够提供专业的法律意见和策略建议，帮助当事人更好地应对仲裁和诉讼程序。因此，在工伤赔偿纠纷中，建议当事人及时寻求专业律师的协助。
3. 理性看待仲裁与诉讼：仲裁和诉讼都是解决工伤赔偿纠纷的有效途径，各有其优势和劣势。当事人应根据案件的具体情况、证据的充分性以及法律适用的明确性等因素来理性选择适合自己的解决途径。

如果您在工伤赔偿方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和策略建议。