结论：在汽配库房拣货过程中，若员工拿错货物但尚未出库，公司一般不能直接对员工进行罚款，但可根据内部规章制度采取其他合理管理措施。以下是对此问题的详细分析：
一、公司罚款的合法性分析
法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司并非行政机关，不具有行政处罚权。因此，公司直接对员工进行罚款，在法律上缺乏直接依据。罚款通常属于行政处罚范畴，应由具有行政处罚权的行政机关依法实施。
内部规章制度：虽然公司不能直接罚款，但可以根据内部规章制度，对员工的违规行为进行管理。这些规章制度应经过民主程序制定，且内容合法、合理，不违反法律法规的强制性规定。若规章制度中明确规定了员工拿错货物应承担的责任及相应的管理措施（如警告、扣分、绩效调整等），且这些措施不侵犯员工的合法权益，则公司可以依据规章制度进行处理。
二、公司可采取的合理管理措施
警告与教育：对于拿错货物的员工，公司可以首先进行口头或书面警告，并对其进行教育，指出其错误行为及可能带来的后果，引导其改正错误。
绩效调整：若员工的错误行为对其工作绩效产生了影响，公司可以根据内部绩效考核制度，对其绩效进行相应调整。但调整应合理、公正，且与员工的实际工作表现相符。
培训与提升：针对员工在拣货过程中出现的错误，公司可以组织相关培训，提升员工的业务技能和操作水平，减少类似错误的发生。
损失分担：若员工的错误行为给公司造成了实际损失（如货物损坏、丢失等），公司可以与员工协商，根据实际情况分担部分损失。但分担比例应合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
三、员工权益保护
知情权：员工有权了解公司对其错误行为的处理依据、处理措施及可能产生的后果。公司应确保员工在处理过程中享有充分的知情权。
申诉权：若员工对公司的处理措施有异议，有权向公司提出申诉。公司应建立申诉机制，确保员工的申诉得到及时、公正的处理。
合法权益不受侵犯：公司在处理员工错误行为时，应确保员工的合法权益不受侵犯。不得采取侮辱、体罚、非法搜查等侵犯员工人身权利的行为。
四、建议与总结
完善内部规章制度：公司应完善内部规章制度，明确员工在拣货等环节中的职责、操作规范及违规行为的处理措施。确保规章制度内容合法、合理，且经过民主程序制定。
加强员工培训：公司应定期组织员工培训，提升员工的业务技能和操作水平。减少因操作不当导致的错误行为。
建立合理的管理机制：公司应建立合理的管理机制，对员工的错误行为进行及时、公正的处理。同时，确保员工的合法权益得到保护。
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