公司以不胜任工作为由辞退员工，通过劳动仲裁是有可能维护自身权益的，但具体结果取决于公司辞退的合法性及证据充分性。以下从不同角度为你详细分析：
一、公司辞退的合法性基础
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。这是公司以不胜任工作为由辞退员工的合法基础。
二、劳动仲裁的适用性
如果公司辞退行为合法：
- 若公司能够证明员工确实不能胜任工作，且已经按照法定程序进行了培训或调整工作岗位，仍不能胜任，且提前三十日以书面形式通知了员工或额外支付了一个月工资，那么公司的辞退行为是合法的。在这种情况下，员工通过劳动仲裁可能难以获得赔偿或恢复劳动关系。
如果公司辞退行为违法：
- 若公司无法证明员工不能胜任工作，或者未按照法定程序进行培训或调整工作岗位，或者未提前三十日以书面形式通知员工或未额外支付一个月工资，那么公司的辞退行为可能是违法的。在这种情况下，员工可以通过劳动仲裁要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金，或者要求恢复劳动关系。
三、劳动仲裁的流程与注意事项
准备证据：
- 员工在申请劳动仲裁前，应收集并整理相关证据，如劳动合同、工资单、工作记录、培训记录、调整工作岗位的通知等，以证明自己的主张。
提交仲裁申请：
- 员工应向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。仲裁申请应明确请求事项、事实和理由。
参与仲裁程序：
- 员工应积极参与仲裁程序，包括出席仲裁庭、陈述事实、提供证据、进行辩论等。在仲裁过程中，员工应如实陈述事实，不得提供虚假证据或隐瞒重要事实。
执行仲裁裁决：
- 如果仲裁裁决支持员工的请求，公司应履行裁决义务。如果公司不履行裁决义务，员工可以向人民法院申请强制执行。
四、可能的结果与后续行动
如果仲裁裁决支持员工：
- 公司应支付赔偿金或恢复劳动关系。如果公司不履行裁决义务，员工可以向人民法院申请强制执行。
如果仲裁裁决不支持员工：
- 员工可以考虑是否接受裁决结果。如果员工认为裁决结果不公正或存在错误，可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
温馨提示：劳动仲裁是维护劳动者权益的重要途径之一。如果你认为公司以不胜任工作为由辞退你的行为违法或不合理，建议你及时收集证据并申请劳动仲裁。在仲裁过程中，你可以寻求专业律师的帮助，以提高仲裁的成功率和效率。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。