针对员工怀孕申请居家办公的情况，企业应当遵循相关法律法规，并体现出对孕期女职工的关怀与保护。以下是企业处理此类问题的详细建议：

一、法律基础与原则

根据《中华人民共和国劳动合同法》以及《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期（俗称“三期”）享有特殊的劳动保护。企业不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同，除非存在严重违反公司规章制度等特定情形。

二、具体处理措施

1. 评估员工情况：

   • 首先，企业应评估员工的具体情况，包括怀孕周期、身体状况、工作性质等，以确定是否适合居家办公。
   • 如果员工因怀孕导致身体不适，无法胜任原岗位工作，企业应根据医疗机构诊断证明，减轻其劳动量或安排其他能够适应的劳动。

2. 协商居家办公安排：

   • 如果员工提出居家办公的申请，企业应与员工进行充分沟通，协商具体的居家办公安排。
   • 双方应明确居家办公的工作内容、工作时间、工作成果提交方式以及报酬支付等细节，确保双方权益得到保障。

3. 提供必要支持：

   • 企业应为居家办公的员工提供必要的支持，如提供必要的办公设备、软件等，确保员工能够顺利开展工作。
   • 同时，企业应保持与员工的沟通畅通，及时解答员工在工作中遇到的问题，提供必要的指导和帮助。

4. 遵守劳动时间规定：

   • 根据《女职工劳动保护特别规定》，怀孕7个月以上的女职工，企业不得延长其劳动时间或安排其夜班劳动，每天在劳动时间内应安排其休息不少于1小时。
   • 如果员工选择居家办公，企业也应遵守这一规定，确保员工的休息时间得到保障。

5. 支付相应报酬：

   • 员工在居家办公期间，企业应按照双方协商的报酬支付方式，按时足额支付员工工资。
   • 如果员工在居家办公期间产生了加班情况，企业也应按照法律规定支付加班费。

三、特殊情况处理

• 如果员工因怀孕导致身体极度不适，无法胜任任何工作，企业应与员工协商离岗休息事宜，并按照相关规定支付病假工资或生活费。
• 如果员工在孕期出现严重违反公司规章制度等情形，企业有权依法解除劳动合同，但应确保解除劳动合同的合法性和合理性，避免引发劳动争议。

四、建议与沟通

• 企业应建立健全的沟通机制，及时与员工沟通孕期工作安排、福利待遇等问题，确保员工的知情权得到保障。
• 同时，企业也应鼓励员工提出自己的意见和建议，共同营造和谐、稳定的劳动关系。

综上所述，企业在处理员工怀孕申请居家办公的问题时，应遵循相关法律法规，体现对孕期女职工的关怀与保护，通过协商、支持、遵守规定和支付报酬等措施，确保员工的权益得到保障。