公司绩效考核制度只有奖惩没有保本，这种做法的合法性不能一概而论，需要结合具体情况来分析。以下是从不同角度对此问题的详细解答：
一、绩效考核制度的基本原则
绩效考核制度作为企业管理员工的一种手段，其核心目的在于激励员工提升工作绩效，同时确保员工的工作表现与企业的期望和目标相一致。一个合法且合理的绩效考核制度，应当遵循公平、公正、公开的原则，既要包含对优秀表现的奖励，也要包含对不良表现的惩罚，但同时也应考虑到员工的合理权益，避免过度严苛或不合理。
二、只有奖惩没有保本的合法性分析
从劳动合同法的角度：
- 劳动合同法并未明确规定绩效考核制度必须包含“保本”条款。然而，绩效考核制度作为劳动合同的附件或补充协议，其内容应当符合劳动合同法的相关规定，即不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害劳动者的合法权益。
- 如果绩效考核制度中的奖惩措施过于严苛，导致员工在正常工作情况下也难以达到考核标准，从而面临被扣减工资、奖金甚至被解雇的风险，那么这种制度可能因违反公平、公正原则而被认定为无效或部分无效。
从工资支付的角度：
- 根据工资支付的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果绩效考核制度导致员工的工资被不合理扣减，甚至低于当地最低工资标准，那么这种制度显然是不合法的。
- “保本”条款在某种程度上可以视为对员工最低工资保障的一种体现。如果绩效考核制度完全剥夺了员工的这一保障，那么其合法性将受到质疑。
从企业自主管理权的角度：
- 企业有权根据自身经营需要制定绩效考核制度，但这一权利并非无限制的。企业在行使自主管理权时，应当尊重劳动者的合法权益，不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 如果绩效考核制度过于偏向奖惩而忽视了对员工基本权益的保障，那么这种制度可能因滥用企业自主管理权而被认定为不合法。
三、建议与措施
对于企业而言：
- 在制定绩效考核制度时，应当充分考虑员工的合理权益，确保制度既具有激励性又具有公平性。
- 可以考虑设置合理的“保本”条款，如设定最低绩效标准或保障员工的基本工资不受绩效考核影响等。
- 定期对绩效考核制度进行审查和调整，确保其符合法律法规的要求和企业的实际情况。
对于员工而言：
- 在签订劳动合同时，应当仔细阅读绩效考核制度的相关条款，了解自己的权益和义务。
- 如果认为绩效考核制度存在不合理之处或侵犯了自己的合法权益，可以及时向企业提出异议或寻求法律援助。
综上所述，公司绩效考核制度只有奖惩没有保本是否合法，取决于具体制度内容是否符合法律法规的要求以及是否尊重了员工的合理权益。如果你对此有进一步的疑问或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。