结论前置：当劳动者工资高于地区平均工资三倍且工作年限不超过十二年时，经济补偿金的计算将遵循特定规则，即按照当地职工月平均工资的三倍作为计算基数，并乘以实际工作年限（但最高不超过十二年）来确定经济补偿金的总额。

一、经济补偿金的基本计算规则

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿金是按照劳动者在本单位工作的年限来计算的。具体来说：

1. 标准计算方式：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

2. 月工资的定义：月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，则计算经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付。

二、高工资劳动者的特殊计算规则

对于月工资高于地区平均工资三倍的劳动者，其经济补偿金的计算将受到特定限制：

1. 计算基数：经济补偿金的计算基数为当地职工月平均工资的三倍，而非劳动者的实际月工资。

2. 补偿年限：向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这意味着，即使劳动者的实际工作年限超过十二年，其经济补偿金也只会按照十二年的标准来计算。

三、具体计算公式及示例

计算公式： $\( \text{经济补偿金} = \text{当地职工月平均工资} \times 3 \times \min(\text{工作年限}, 12) \)$

示例： 假设某地区上年度职工月平均工资为8000元，某劳动者的月工资为25000元（高于8000元的三倍，即24000元），且该劳动者在该单位工作了8年。那么，该劳动者的经济补偿金计算如下：

• 计算基数：8000元 × 3 = 24000元/月
• 工作年限：8年（未超过12年）
• 经济补偿金：24000元/月 × 8年 = 192000元

四、注意事项

1. 地区差异：各地可能出台细则调整计算方式，例如某些地区可能规定“三倍封顶”基数不含加班费等非常规收入。因此，在具体计算时，需要结合当地政策执行。

2. 证据留存：用人单位需提供完整工资记录证明月工资是否超限，否则可能按实际工资计算经济补偿金。劳动者也应保留好相关证据，以维护自己的合法权益。

3. 赔偿金与经济补偿金的区别：赔偿金适用于用人单位违法解除或终止劳动合同的情形，其标准为经济补偿标准的二倍。但同样受到“三倍封顶”和“十二年上限”的限制。不过，在您的问题中，仅涉及经济补偿金的计算，因此这里不再赘述赔偿金的计算方式。

综上所述，当劳动者工资高于地区平均工资三倍且工作年限不超过十二年时，其经济补偿金的计算将遵循特定规则。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。