在合同纠纷仲裁案件中，如果发现对方伪造了您方的公章，这是一个非常严重的问题，可能直接影响到仲裁案件的走向和结果。以下是从多个角度为您提供的分析和建议：
立即采取行动，固定证据：
- 一旦发现对方伪造公章，应立即收集并保存所有相关证据，包括但不限于伪造的公章样本、使用伪造公章签署的文件、相关交易记录、通信记录等。
- 如果可能，对伪造公章的行为进行公证或申请司法鉴定，以确保证据的合法性和有效性。
向仲裁机构提出异议：
- 在仲裁过程中，及时向仲裁机构提交书面异议，说明对方伪造公章的情况，并附上相关证据。
- 请求仲裁机构对伪造公章的行为进行调查，并根据调查结果决定是否继续审理案件或采取其他适当措施。
考虑报警处理：
- 伪造公章属于违法行为，可能构成犯罪。因此，您可以考虑向公安机关报案，要求追究对方伪造公章的法律责任。
- 报警后，公安机关会进行调查，并根据调查结果决定是否立案侦查。如果立案，这将为仲裁案件提供有力的法律支持。
评估合同效力及责任承担：
- 伪造公章签署的合同，其效力可能受到质疑。根据《民法典》的相关规定，如果合同是伪造公章签署的，且您方能够证明这一点，那么该合同可能对您方不产生法律效力。
- 然而，如果对方能够证明您方对伪造公章的行为存在过错或疏忽，或者您方实际上已经履行了合同义务，那么您方可能仍需承担一定的法律责任。因此，需要仔细评估合同的具体内容和履行情况。
准备应对仲裁和可能的诉讼：
- 在仲裁过程中，您需要准备充分的证据来支持您的主张，包括证明对方伪造公章的证据、合同无效的证据等。
- 如果仲裁结果对您不利，或者对方在仲裁后提起诉讼，您也需要做好应对诉讼的准备，包括聘请律师、准备诉讼材料等。
加强内部管理，防范类似风险：
- 此次事件也暴露出您方在公章管理方面可能存在的漏洞。因此，建议您方加强内部管理，完善公章使用制度，确保公章的安全和合法使用。
- 定期对公章进行盘点和检查，及时发现并处理异常情况。
在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，遵循法律程序，依法维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供更详细和专业的法律建议。