旷工扣三倍工资的做法是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确禁止了用人单位无故克扣劳动者工资的行为，旷工扣三倍工资显然属于无故克扣工资的范畴。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定限制了用人单位扣除劳动者工资的额度和条件，旷工扣三倍工资远超出了这一限制。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。这一规定进一步强调了用人单位支付劳动报酬的义务，以及劳动者在用人单位未支付劳动报酬时的救济途径。
二、旷工处理的合法方式
扣除当日工资：
- 对于旷工的员工，用人单位通常应只扣除当天工资作为惩戒，而不是三倍工资。这是符合法律法规规定的合理惩戒方式。
行政处分：
- 除了经济处罚外，用人单位还可以依据公司规章制度进行行政处分，如警告、记过等，直至解除劳动合同。但这些处分必须依据合法有效的规章制度进行，且不得违反法律法规的规定。
经济损失赔偿：
- 如果旷工行为确实给用人单位造成了经济损失，并且双方在劳动合同中有明确约定，用人单位可以要求劳动者进行赔偿。但赔偿金额和扣除工资的总额不得超过劳动者当月工资的20%，且要保证扣除后不低于当地月最低工资标准。
三、旷工扣三倍工资的违法后果
劳动者有权拒绝：
- 劳动者有权拒绝用人单位旷工扣三倍工资的要求，并可以要求用人单位按照法律法规的规定支付工资。
劳动者可以投诉举报：
- 如果用人单位坚持旷工扣三倍工资，劳动者可以向当地劳动保障行政部门投诉举报，要求用人单位改正违法行为。
用人单位可能面临法律责任：
- 用人单位旷工扣三倍工资的行为可能构成克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的违法行为，根据《劳动保障监察条例》的规定，用人单位可能面临限期支付工资报酬、加付赔偿金等法律责任。
四、建议与总结
- 用人单位：应依法依规处理员工的旷工问题，确保处理的公正性和合理性。在制定规章制度时，应充分考虑其合理性和公平性，避免制定过于苛刻或不合理的条款。
- 劳动者：应了解自己的权益和义务，在遇到不合理扣款时及时与用人单位沟通协商或寻求法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，旷工扣三倍工资的做法是不合法的，用人单位应依法依规处理员工的旷工问题。如果你有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。