商品房建在人防工程上面，只要符合相关法律法规和规划要求，就是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 人防工程的定义与目的：

   • 人防工程，即人民防空工程，是为保障战时人员与物资掩蔽、人民防空指挥、医疗救护等而修建的地下防护建筑。其目的在于坚持城镇战斗，保护人员和物资安全。

2. 建设要求与审批：

   • 人防工程的建设需严格遵循国家相关技术规范和标准，确保工程质量和防护性能。
   • 建设过程需经过严格的行政审批程序，从规划、设计、施工到监理和验收，均需符合法定要求，并经人防主管部门验收合格后才能交付使用。

3. 商品房建设与人防工程的结合：

   • 在城市规划中，商品房的建设与人防工程可以相结合。例如，商品房的地下室部分可以兼作人防工程，但需满足人防工程的各项标准和要求。
   • 商品房建在人防工程上面，并不意味着商品房的底部就是人防工程。而是指商品房在规划和建设时，考虑到了与人防工程的结合，或者商品房所在的地块下方已经存在人防工程，且该人防工程不影响商品房的安全和稳定性。

4. 合法性判断：

   • 判断商品房建在人防工程上面是否合法，主要依据是相关的法律法规和规划要求。
   • 如果商品房的建设符合城市规划、土地利用规划以及人防工程的相关法律法规，且已经通过了相关部门的审批和验收，那么它就是合法的。

5. 注意事项：

   • 在购买商品房时，消费者应关注房屋所在的地块是否涉及人防工程，以及该人防工程对房屋使用和安全的影响。
   • 如果商品房的底部确实是人防工程，消费者应了解该人防工程的产权归属、使用权归属以及日常维护和管理情况，以避免未来可能出现的法律纠纷。

综上所述，商品房建在人防工程上面并不违法，但前提是必须符合相关法律法规和规划要求。在购买此类商品房时，消费者应谨慎了解相关情况，以确保自己的合法权益。