公司不愿让员工签总公司合同而让签分公司合同，通常基于以下几个方面的考虑：
管理便利与效率：
- 分公司作为总公司的分支机构，在地域上可能更接近员工的工作地点，从而便于日常管理和沟通。
- 分公司通常拥有一定的自主管理权，能够更灵活地处理与员工之间的合同关系，包括招聘、解雇、薪资调整等，这有助于提高管理效率。
法律责任与风险隔离：
- 从法律角度来看，分公司虽然不具备独立的法人资格，但通常可以独立承担民事责任（在总公司授权范围内）。通过让员工与分公司签订合同，公司可以在一定程度上将法律责任和风险隔离在分公司层面，减少对总公司整体运营的影响。
- 如果员工与总公司签订合同，一旦发生劳动纠纷或法律诉讼，总公司可能需要直接承担法律责任，这可能对总公司的声誉和财务状况造成更大影响。
税务与财务考虑：
- 分公司作为独立的经营实体，可能享有特定的税收优惠政策或财务处理方式。让员工与分公司签订合同，有助于公司更好地利用这些政策，优化税务和财务结构。
- 分公司可能根据自身的经营状况和财务需求，更灵活地调整员工的薪资、福利等，这有助于公司更好地控制成本和风险。
业务需求与灵活性：
- 分公司可能根据特定的业务需求或市场环境，需要招聘具有特定技能或经验的员工。通过让员工与分公司签订合同，公司可以更灵活地满足这些需求，而无需受到总公司整体招聘政策的限制。
- 分公司可能根据业务发展的需要，更快速地调整员工队伍，包括招聘、解雇、调动等，这有助于公司更好地适应市场变化。
可能存在的法律风险与注意事项：
- 分公司资质问题：虽然分公司可以独立承担民事责任，但并非所有分公司都具备签订劳动合同的资质。在让员工与分公司签订合同前，公司应确保分公司已依法设立并取得相应的营业执照和经营许可。
- 合同条款明确性：无论员工与总公司还是分公司签订合同，合同条款都应明确、具体，包括工作内容、薪资、福利、工作时间、休息休假、劳动保护等。这有助于减少劳动纠纷的发生，并保护双方的合法权益。
- 法律责任划分：如果员工与分公司签订合同，但分公司无法独立承担法律责任（如超出总公司授权范围），总公司仍可能需要承担连带责任。因此，公司应在合同中明确划分法律责任，并在必要时为分公司提供必要的支持和保障。
建议：
- 对于员工而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务，并确保合同内容合法、合规。
- 对于公司而言，在决定让员工与分公司签订合同时，应充分考虑上述因素，并确保分公司的资质和合同条款的合法性、合规性。如有需要，可以咨询专业律师或法律机构，以获取更具体的法律建议和指导。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。