结论：公司注销时，大股东将职工安置到总公司，职工是否可以申请经济补偿，需根据具体情况判断，主要包括公司是否依法清算、职工安置协议的具体内容以及职工是否因安置而遭受实际损失等因素。以下从不同角度进行分析：
一、公司依法清算且职工安置协议合法有效的情况
公司依法清算：
- 根据《公司法》及相关规定，公司注销前应当依法进行清算，包括处理公司财产、清偿债务、分配剩余财产等。如果公司已经依法完成了清算程序，且清算过程中已经考虑了职工的安置问题，并按照相关法律法规和职工安置协议进行了妥善处理，那么职工通常无法再申请额外的经济补偿。
职工安置协议合法有效：
- 如果大股东与职工之间签订了合法有效的职工安置协议，且协议中明确约定了职工的安置方式、待遇等条款，且这些条款已经得到履行或正在履行中，那么职工应当按照协议约定接受安置，并无法再申请经济补偿。
二、公司未依法清算或职工安置协议存在瑕疵的情况
公司未依法清算：
- 如果公司未经清算即被注销，或者清算过程中存在违法行为（如未通知债权人、未妥善处理职工安置问题等），那么职工有权要求公司或相关责任人（如大股东、清算义务人等）承担相应的法律责任。在这种情况下，职工可以申请经济补偿，但具体补偿金额和方式需根据实际情况和法律法规进行确定。
职工安置协议存在瑕疵：
- 如果职工安置协议存在瑕疵（如未明确约定安置方式、待遇等条款，或者条款违反法律法规等），那么职工可以主张协议无效或部分无效，并要求重新协商或按照法律法规的规定进行安置。如果因安置问题导致职工遭受实际损失（如工资损失、社保损失等），职工还可以要求赔偿相应的经济损失。
三、职工因安置而遭受实际损失的情况
- 无论公司是否依法清算，也无论职工安置协议是否合法有效，如果职工因安置而遭受了实际损失（如工资未按时发放、社保未按时缴纳等），职工都有权要求赔偿相应的经济损失。这种情况下，职工可以通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
法律建议
审查公司清算程序：
- 职工应首先审查公司是否依法进行了清算程序，包括是否成立了清算组、是否通知了债权人、是否妥善处理了职工安置问题等。如果发现公司未依法清算或清算过程存在违法行为，职工应及时向相关部门举报或寻求法律援助。
审查职工安置协议：
- 职工应仔细审查与大股东签订的职工安置协议，确保协议内容合法有效且明确约定了安置方式、待遇等条款。如果发现协议存在瑕疵或违反法律法规的情况，职工应及时与大股东协商修改或解除协议，并寻求法律援助以维护自己的合法权益。
保留相关证据：
- 职工应保留与安置问题相关的所有证据（如工资单、社保缴纳记录、职工安置协议等），以便在需要时提供证明自己的权益受到侵害的事实和依据。
寻求法律援助：
- 如果职工在安置过程中遇到任何问题或纠纷，应及时寻求法律援助或咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况为职工提供法律建议和帮助，维护职工的合法权益。
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