公司变更股东为非自然人，主要涉及的是股东身份的变更以及相应的法律程序和文件准备。以下是从不同角度对此问题的详细解答：
一、法律程序与文件准备
股东会决议：
- 公司需召开股东会，就股东变更事宜形成决议。决议内容应明确原股东将其持有的股份转让给新的非自然人股东（如公司、合伙企业等），并明确转让的股份数量、价格等关键条款。
股权转让协议：
- 原股东与新股东需签订股权转让协议，详细约定双方的权利义务、转让价格、支付方式、违约责任等。协议应符合《公司法》及相关法律法规的规定，确保合法有效。
公司章程修改：
- 股东变更后，公司需修改公司章程，将新股东的信息（如名称、住所、出资额等）记载于公司章程中，并办理相应的工商变更登记手续。
工商变更登记：
- 公司需向工商行政管理部门提交股东变更登记申请，包括股东会决议、股权转让协议、公司章程修正案等文件。工商行政管理部门审核通过后，将颁发新的营业执照，完成公司股东变更的登记手续。
二、税务处理
股权转让所得税：
- 根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，股权转让所得属于企业的应税所得，需缴纳企业所得税。原股东（如为自然人，则涉及个人所得税）需就股权转让所得缴纳相应的税款。
印花税：
- 股权转让协议需缴纳印花税，按照协议所载金额的万分之五贴花。
三、注意事项
合规性审查：
- 在进行股东变更前，公司应确保原股东的股权不存在质押、冻结等限制转让的情形，否则可能导致股权转让无效。
新股东资格审查：
- 公司应对新股东的资格进行审查，确保其具备成为公司股东的资格和条件，如非自然人股东需具备合法的经营资格、良好的财务状况等。
内部决策程序：
- 公司应确保股东变更事宜已按照公司章程和法律法规的规定履行了内部决策程序，如召开股东会、形成决议等。
后续义务履行：
- 新股东成为公司股东后，需履行公司章程和法律法规规定的义务，如按时出资、参与公司管理等。
举例说明：假设某公司原股东A将其持有的50%股份转让给非自然人股东B（一家有限责任公司），则公司需召开股东会形成决议，A与B签订股权转让协议，修改公司章程，并向工商行政管理部门提交股东变更登记申请。同时，A需就股权转让所得缴纳个人所得税和印花税，B则需履行作为公司股东的义务。
总结与建议：公司变更股东为非自然人是一个涉及多个法律环节和税务处理的过程。为确保变更的合法性和有效性，公司应严格按照法律法规的规定履行相关程序，准备必要的文件，并咨询专业律师或税务师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。