核心结论：朋友借款后以公司名义转账代发工资，可能涉及借款用途变更、公司财务合规及法律责任承担等问题，需分情况处理。以下是具体分析：

1. 借款用途与合同约定
   若借款时双方明确约定了用途（如个人消费、经营等），而朋友未经你同意将资金用于公司代发工资，可能构成违约。根据《民法典》第六百七十三条，借款人未按照约定的借款用途使用借款的，贷款人可以停止发放借款、提前收回借款或解除合同。你可要求朋友立即归还借款，或补充签订书面协议明确资金用途及还款计划。

2. 公司转账的合法性风险
   若朋友以公司名义转账，需核实公司是否知情并同意该操作。若公司未授权，可能涉及挪用资金或职务侵占（根据《刑法》第二百七十二条），朋友可能面临刑事责任；若公司授权，则需确认转账是否符合公司财务制度（如是否通过正规审批流程、是否代扣代缴个税等）。若存在违规操作，你可要求朋友提供公司盖章的书面说明，或直接向公司核实资金流向。

3. 证据固定与法律救济
   无论哪种情况，均需固定关键证据：

   • 借款证据：借条、转账记录、聊天记录等证明借款关系；
     
   • 用途证据：朋友承认资金用于公司代发工资的录音、书面说明等；
     
   • 公司关联证据：公司转账记录、工资表、税务申报记录等。
     若协商无果，可凭证据向法院起诉，要求朋友还款；若涉及公司违规，可向税务、工商部门举报或提起股东代表诉讼（若你与公司有利害关系）。

建议行动步骤：

1. 立即与朋友沟通，要求其书面说明资金用途及还款计划；
   
2. 联系公司财务或负责人，核实转账是否合规；
   
3. 整理所有证据，评估诉讼风险；
   
4. 根据朋友及公司态度，选择协商、调解或诉讼解决。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。