针对稽查案件中查到的虚开发票列支成本费用问题，这是一个涉及税务合规与法律责任的严肃事项。以下是我为您提供的详细解答：
一、虚开发票的定义与法律后果
根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条的规定，虚开发票包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，以及介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。这种行为是违法的，并会受到法律的严厉制裁。
二、稽查发现虚开发票的处理流程
立案调查：
- 税务稽查部门在接到相关线索或发现异常后，会依法对涉嫌虚开发票的企业进行立案调查。
- 调查过程中，稽查人员会收集证据，包括发票、合同、资金流水、物流信息等，以确认是否存在虚开发票的行为。
证据收集与核实：
- 稽查人员会调取企业的会计账簿、银行流水、运输合同等资料，以核实发票的真实性和业务的真实性。
- 必要时，稽查人员还会与相关方（如供应商、客户、运输司机等）进行联系，以获取更多证据。
事实认定与处理决定：
- 在证据充分的情况下，稽查部门会认定企业是否存在虚开发票的行为，并依据相关法律法规作出处理决定。
- 处理决定通常包括追缴税费款、加收滞纳金，并可能处以罚款。如果行为构成犯罪，还会依法追究刑事责任。
三、具体案例分析
以国家税务总局乌海市税务局稽查局查处的乌海市增源商贸有限责任公司虚开发票案为例：
案件背景：
- 该公司以支付税点的方式让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的增值税专用发票，用于抵扣增值税进项税额，并在公司所得税税前列支。
处理结果：
- 乌海市税务局稽查局依法作出追缴税费款、加收滞纳金并处罚款共计364万元的处理处罚决定。
- 该案涉案税费款、滞纳金、罚款均已追缴入库。
四、企业应对建议
合规经营：
- 企业应确保所有业务真实发生，并依法开具和取得发票。
- 避免与无实际经营活动的“壳公司”进行交易，以降低虚开发票的风险。
加强内部管理：
- 企业应建立健全的财务管理制度，确保会计账簿、银行流水等资料的完整性和真实性。
- 定期对发票进行自查，及时发现并纠正可能存在的问题。
积极配合稽查：
- 如果企业被稽查部门立案调查，应积极配合稽查人员的工作，提供必要的资料和证据。
- 如有异议或疑问，应及时与稽查部门沟通，寻求合法合规的解决方案。
五、法律责任与风险提示
法律责任：
- 虚开发票的企业将面临追缴税费款、加收滞纳金和罚款的法律责任。
- 如果行为构成犯罪，企业法定代表人或相关责任人还可能面临刑事责任的追究。
风险提示：
- 虚开发票不仅损害了国家的税收利益，也破坏了市场的公平竞争环境。
- 企业应高度重视税务合规问题，避免因一时之利而陷入法律困境。
综上所述，稽查案件中查到的虚开发票列支成本费用问题是一个严重的税务违规行为。企业应严格遵守相关法律法规，确保业务真实、票据合法、合规经营、诚信纳税。如果遇到相关问题或疑问，建议及时咨询专业税务律师或税务机关以获取专业指导。