仲裁庭一般不可以推翻法院已对仲裁协议效力作出的认定。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法院对仲裁协议效力的认定具有终局性

在法律程序中，法院作为国家审判机关，其作出的判决和裁定具有终局性和权威性。当法院已经对仲裁协议的效力作出认定后，这一认定结果在法律上具有确定力，仲裁庭通常应当予以尊重，并不得随意推翻。这是因为仲裁庭的权力来源于当事人的仲裁协议以及法律的授权，而法院的认定则是对这一权力来源的合法性和有效性的最终确认。

二、仲裁庭的职责与限制

仲裁庭的职责是根据当事人之间的仲裁协议，对争议事项进行公正、独立的裁决。然而，仲裁庭的裁决权并非无限，它受到法律、仲裁规则以及当事人仲裁协议的约束。在仲裁协议效力已经被法院认定的情况下，仲裁庭如果试图推翻这一认定，将可能违反法律原则和仲裁规则，损害仲裁的公正性和权威性。

三、特殊情况下的处理

尽管仲裁庭一般不可以推翻法院对仲裁协议效力的认定，但在某些特殊情况下，如果仲裁庭认为法院的认定存在错误或遗漏，且这一错误或遗漏直接影响到仲裁庭的管辖权或裁决的公正性，仲裁庭可以采取以下措施：

1. 请求法院重新审查：仲裁庭可以请求作出认定的法院重新审查仲裁协议的效力，但这通常需要满足一定的条件，如存在新的证据或事实等。
2. 中止仲裁程序：在等待法院重新审查结果期间，仲裁庭可以中止仲裁程序，以避免因管辖权问题而导致的裁决无效。
3. 遵循法院最终裁定：如果法院最终维持了原认定或作出了新的认定，仲裁庭应当遵循法院的裁定，并据此继续或终止仲裁程序。

四、法律后果与建议

如果仲裁庭擅自推翻法院对仲裁协议效力的认定，其作出的裁决可能面临被法院撤销或不予执行的风险。这不仅会损害当事人的合法权益，也会影响仲裁的声誉和公信力。因此，建议仲裁庭在遇到此类情况时，应当谨慎行事，遵循法律原则和仲裁规则，尊重法院的认定结果。

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