结论：院长以旷工为由拒绝资料盖章、阻挠医师电子化注册的行为，在多数情况下是不合法的，但具体还需结合实际情况和医院规章制度来判断。

分析如下：

1. 从法律层面看：

   • 医师的电子化注册是其依法执业的必要条件，医院作为医疗机构，有义务协助医师完成注册手续，包括提供必要的资料和盖章确认。
   • 旷工虽然是违反医院规章制度的行为，但并不能直接成为医院拒绝协助医师电子化注册的理由。医院应当依据其规章制度对旷工行为进行相应的处理，如警告、罚款、解除劳动合同等，但这与医师的电子化注册是两个独立的事项。

2. 从医院规章制度层面看：

   • 如果医院的规章制度中明确规定了旷工将导致无法进行电子化注册或相关手续的办理，且该规章制度已经过合法程序制定并公示，那么院长在依据规章制度行事的情况下，可能有一定的合理性。但即便如此，这种规定也可能因过于严苛或不合理而引发争议。
   • 更重要的是，医院的规章制度不能违反法律法规的强制性规定。如果规章制度中的相关条款与法律法规相冲突，那么这些条款将是无效的，院长不能以此为由拒绝协助医师电子化注册。

3. 从实际操作层面看：

   • 即使医师存在旷工行为，医院也应当通过合法途径进行处理，如与医师进行沟通、发出警告、进行纪律处分等，而不是直接拒绝提供必要的资料和盖章确认。
   • 如果院长无正当理由拒绝协助医师电子化注册，医师可以向医院上级主管部门或相关劳动仲裁机构投诉或申请仲裁，以维护自己的合法权益。

建议：

• 对于医师而言，如果遇到院长以旷工为由拒绝资料盖章、阻挠电子化注册的情况，首先应当与医院进行沟通，了解具体原因和依据。如果沟通无果，可以向医院上级主管部门或相关劳动仲裁机构投诉或申请仲裁。
• 对于医院而言，应当制定合理、合法的规章制度，并确保规章制度的执行不违反法律法规的强制性规定。同时，医院也应当积极协助医师完成电子化注册等必要手续，以维护医师的合法权益和医院的正常运营。

可能后果：

• 如果院长无正当理由拒绝协助医师电子化注册，可能会面临医师的投诉或仲裁申请，甚至可能承担相应的法律责任。
• 如果医院的规章制度因违反法律法规而无效，那么医院可能无法依据这些规章制度对医师进行处罚或拒绝提供必要服务。

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