在工程量发生变化的情况下，结款时提供乙方说明通常是可以的，但具体是否有效及能否作为结款依据，需结合合同约定、变更程序及证据情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、合同约定优先
合同中有明确变更条款：如果双方签订的建设工程合同中，已经明确约定了工程量变更时的处理方式，包括变更的程序、价款的调整方法等，那么应当按照合同约定执行。在这种情况下，乙方提供的说明如果符合合同约定的变更程序，且内容真实、准确，那么这份说明可以作为结款的重要依据。
合同中无明确变更条款：如果合同中没有明确约定工程量变更的处理方式，那么双方应当协商确定变更后的价款。在协商过程中，乙方提供的说明可以作为协商的基础，但最终是否被采纳，还需看双方的协商结果以及是否符合相关法律法规的规定。
二、变更程序合法性
变更需经双方确认：根据《民法典》及相关法律法规的规定，工程量的变更应当经发包人和承包人双方确认。这意味着，乙方在提出工程量变更时，需要得到发包人的认可，并形成书面文件或其他形式的确认证据。如果乙方提供的说明未经发包人确认，或者无法证明发包人已经认可变更，那么这份说明可能无法作为结款的依据。
变更需符合法定程序：除了双方确认外，工程量的变更还需要符合法定程序。例如，如果变更涉及到规划、设计等方面的调整，可能需要经过相关部门的审批或备案。如果乙方提供的说明无法证明变更已经符合法定程序，那么这份说明也可能无法被采纳。
三、证据充分性
说明内容需真实准确：乙方提供的说明应当真实、准确地反映工程量变更的情况，包括变更的原因、范围、价款调整等。如果说明内容存在虚假或误导性信息，那么这份说明不仅无法作为结款的依据，还可能引发法律纠纷。
需提供其他佐证证据：除了说明外，乙方还需要提供其他佐证证据来支持其主张。例如，变更前后的施工图纸、现场照片、工程量清单、价款计算依据等。这些证据可以相互印证，形成完整的证据链，提高说明的可信度和说服力。
四、法律后果与建议
法律后果：如果乙方提供的说明无法作为结款的依据，或者双方因工程量变更产生纠纷无法协商解决，那么可能需要通过法律途径来解决。在这种情况下，法院或仲裁机构会根据合同约定、变更程序及证据情况来综合判断双方的权利义务关系，并作出相应的裁决。
建议：为了避免因工程量变更产生纠纷，建议双方在签订合同时就明确约定变更的处理方式、程序及价款调整方法等。同时，在变更过程中，双方应当保持沟通畅通，及时确认变更情况并形成书面文件或其他形式的确认证据。如果发生纠纷无法协商解决，建议及时咨询专业律师并寻求法律帮助。
总结来说，工程量有变时结款提供乙方说明是可以的，但需确保说明内容真实准确、符合合同约定及法定程序，并提供其他佐证证据来支持其主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。