您好，关于您提出的“有合同开发票是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，开发票并不一定必须要有合同，但合同在某些情况下对发票开具具有重要意义。以下是我为您详细梳理的解答：

首先，我们需要明确的是，发票的开具主要基于真实交易原则。根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则等相关法规，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，应向付款方开具发票。这一规定强调的是交易的真实性，而非合同的存在与否。因此，即使没有合同，只要发生了真实的交易行为，收款方就有义务向付款方开具发票。

接下来，我们探讨合同在发票开具中的作用。虽然发票的开具不依赖于合同，但在某些场景下，合同对发票开具具有重要意义。例如，在大型商业交易或复杂业务中，合同往往会详细约定发票的开具类型、时间、内容等具体事项。这不仅有助于双方明确权利义务，还能确保发票的准确性和合法性。此外，在税务检查中，合同也可以作为证明业务真实性的重要辅助资料，帮助企业降低被认定为虚开发票等税务风险。

然而，也需要注意到，在某些特定情况或行业惯例下，合同可能成为开具发票的重要依据之一。例如，涉及长期合作或有特殊约定的交易，合同中可能会明确规定开票的相关事项。在这种情况下，企业应遵守相关法律法规和行业惯例的要求，确保发票的合规性。

最后，我想强调的是，在实务操作中，企业应根据具体情况合理处理发票与合同的关系。对于零星小额交易或简单的即时服务，即使未签订合同，也应按照税法规定开具发票。而对于大型商业交易或复杂业务，则建议通过签订合同来明确双方的权利义务和发票开具的具体事项，以确保交易的顺利进行和税务合规。

综上所述，有合同开发票并不违法，且合同在某些情况下对发票开具具有重要意义。但更重要的是，发票的开具应基于真实交易原则，并确保发票的合规性和准确性。希望我的解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。