结论：在货物买卖合同纠纷中，若双方对结算价款存在争议，但部分价款双方已认可，这部分认可的价款是可以支付的。

详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据合同法的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，有权自由约定合同的内容，包括价款的支付方式和时间。若双方在合同中或后续协商中，对部分价款达成了一致意见，那么这部分价款应当按照双方的约定进行支付。

2. 部分履行与争议解决：

   • 在合同履行过程中，若双方对部分价款存在争议，但这并不影响双方对无争议部分价款的支付。根据诚实信用原则和合同履行原则，双方应当先履行无争议的部分，以维护交易的稳定和效率。对于存在争议的部分，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。

3. 法律后果与风险防范：

   • 若一方拒绝支付双方已认可的价款，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。因此，从风险防范的角度出发，建议双方在达成一致意见后，及时签订书面协议或补充协议，明确无争议部分的价款支付方式和时间，以避免不必要的法律纠纷。

4. 实际操作建议：

   • 在实际操作中，双方可以就无争议部分的价款签订一份支付协议，明确支付金额、支付方式、支付时间等关键条款。同时，对于存在争议的部分，双方可以约定在争议解决前暂不支付，或者按照某种合理的方式（如按比例支付、提供担保等）进行部分支付。

特殊情况说明：

• 若双方对价款的争议涉及到合同的整体效力或履行方式等根本性问题，且这部分争议与已认可的价款存在紧密关联，那么双方可能需要先就整个合同的效力或履行方式进行协商或诉讼，以确定已认可价款的支付是否仍然有效。但在大多数情况下，这种关联性并不存在，因此已认可的价款是可以独立支付的。

总结与建议：

• 在货物买卖合同纠纷中，若双方对结算价款存在争议但部分价款已认可，这部分认可的价款是可以支付的。为了降低法律风险和维护交易稳定，建议双方及时签订书面协议明确支付条款，并就存在争议的部分通过合法途径解决。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。