借条上加盖分公司的财务专用章，其法律效力需分情况讨论，具体如下：
分公司具备独立民事行为能力且借款用于分公司经营
- 若分公司依法设立并领取了营业执照，具备独立的民事行为能力，且借款行为是分公司的真实意思表示，用于分公司的正常经营或周转等正当事务，同时盖章行为遵循了公司内部规定的流程（如经过授权审批），则该借条对分公司具有法律约束力，分公司需承担还款责任。在此情况下，由于分公司是公司的分支机构，其民事责任最终可能由公司承担，但借条的直接效力是针对分公司的。
分公司不具备独立民事行为能力或借款未用于分公司经营
- 若分公司未依法设立或未领取营业执照，不具备独立的民事行为能力，或者借款行为并非分公司的真实意思表示，或者借款未用于分公司的正常经营或周转等正当事务，而是被用于个人用途或其他非法用途，即使借条上加盖了分公司的财务专用章，该借条也可能对公司或分公司不发生法律效力。此时，实际借款人（可能是个人或其他主体）应承担还款责任。
盖章行为存在瑕疵或违法情形
- 若盖章行为存在瑕疵，如盖章人未经授权私自加盖分公司财务专用章，或者盖章行为违反了公司内部规定或法律法规，或者借条内容存在欺诈、胁迫等法定可撤销事由，该借条的法律效力可能受到质疑。在此情况下，公司或分公司有权请求人民法院或仲裁机构撤销借条，或者主张借条无效。
法律建议：
对于出借人：在借款前，应仔细核实分公司的设立情况、营业执照、借款用途以及盖章人的代理权限等关键信息。确保借款行为是分公司的真实意思表示，且用于分公司的正常经营或周转等正当事务。同时，要求分公司提供正规的借款合同或借条，并加盖公司公章或合同专用章（而非财务专用章，除非公司特别授权），以降低法律风险。
对于公司或分公司：应加强对分公司印章的管理和监管力度，避免内部人员未经授权私自加盖印章用于非法用途。同时，建立健全的内部审批流程和授权机制，确保借款等重大事项经过合法合规的审批程序。
可能法律后果：
- 若借条有效，分公司（或公司）需承担还款责任，可能面临财产被执行、信用受损等法律后果。
- 若借条无效或被撤销，实际借款人需承担还款责任，但公司或分公司可能因管理不善或监管不力而面临一定的法律责任或声誉损失。
综上所述，借条上加盖分公司的财务专用章的法律效力需根据具体情况进行判断。在实际操作中，建议出借人和公司或分公司均应谨慎行事，确保借款行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。