公司内部借款协议盖财务专用章，在一般情况下是有效的，但也可能受到其他因素的影响。以下是对此问题的详细分析：

1. 财务专用章的法律效力：

   • 财务专用章主要用于公司的财务业务，包括但不限于开具发票、收据、支票等。在借款协议上加盖财务专用章，通常意味着公司对借款行为的确认，能够证明公司与出借人之间存在借贷关系。
   • 然而，从严格意义上讲，借款协议作为合同，应当加盖公司的合同章或公章以体现其正式性和法律效力。但财务专用章在特定情境下，如公司内部借款，也可能被视为公司对借款行为的认可。

2. 影响借款协议效力的其他因素：

   • 欺诈、胁迫等情形：如果借款协议的形成过程中存在欺诈、胁迫等情形，那么无论加盖的是何种印章，借款协议的效力都可能受到质疑。在这种情况下，法院会综合考虑全案证据来认定借贷事实是否成立。
   • 借款的实际交付：出借人需要证明已实际向公司交付了借款。如果公司否认收到借款，而出借人又无法提供充分的证据证明借款已实际交付，那么借款协议的效力也可能受到影响。

3. 法律建议：

   • 明确印章使用：为了确保借款协议的法律效力，建议公司在签订借款协议时加盖合同章或公章，而不是仅加盖财务专用章。
   • 保留证据：出借人在借款时应保留好相关证据，如转账记录、收据等，以证明借款已实际交付。
   • 咨询专业律师：如果对借款协议的效力或签订过程存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取法律意见。

4. 可能的法律后果：

   • 如果借款协议被认定为有效，那么公司应当按照协议约定履行还款义务。如果公司未履行还款义务，出借人可以通过法律途径追究公司的违约责任。
   • 如果借款协议被认定为无效或可撤销，那么公司可能无需承担还款义务，但也可能需要承担因无效或可撤销行为而产生的其他法律责任。

综上所述，公司内部借款协议盖财务专用章在一般情况下是有效的，但也可能受到其他因素的影响。为了确保借款协议的法律效力，建议公司在签订时加盖合同章或公章，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。