结论：在此情况下，首先需明确的是，即使当事人（被打者）同意赔偿，若其儿子不同意，这并不影响赔偿协议的效力，但可能引发后续的家庭内部纠纷或执行难题。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、赔偿协议的效力

1. 当事人意思自治：在民事法律关系中，当事人有权根据自己的意愿设立、变更、终止民事权利义务关系。因此，如果被打者（即当事人）与打人者就赔偿事宜达成了一致，并签订了赔偿协议，那么该协议在双方之间是具有法律效力的。
2. 家庭成员的意见：虽然儿子的意见在家庭内部可能很重要，但从法律角度来看，他并不是赔偿协议的直接当事人。因此，他的不同意并不影响赔偿协议的效力。然而，如果儿子是当事人的法定代理人（如未成年人或无民事行为能力人的监护人），则其意见可能具有法律上的重要性。

二、可能引发的家庭内部纠纷

1. 家庭内部协商：尽管赔偿协议在法律上可能有效，但家庭内部的纠纷仍需通过协商来解决。儿子可能出于对父亲（或母亲）的关心、对赔偿金额的不满或其他原因而不同意赔偿。在这种情况下，家庭成员之间应进行充分的沟通，以寻求共识。
2. 家庭财产分配：如果赔偿金涉及家庭共同财产或需要从家庭财产中支付，那么儿子的不同意可能引发关于家庭财产分配的争议。在这种情况下，可能需要依据家庭内部的约定或相关法律规定来处理。

三、执行难题与解决方案

1. 执行难题：如果儿子坚决反对赔偿，并试图阻止赔偿金的支付或接受，这可能会给赔偿协议的执行带来困难。例如，他可能拒绝签署相关文件、拒绝接收赔偿金或采取其他阻碍行为。
2. 解决方案：
   • 沟通协商：首先，应尝试通过沟通协商来解决分歧。家庭成员可以坐下来讨论，了解彼此的想法和关切，并寻求一个双方都能接受的解决方案。
   • 法律途径：如果沟通协商无果，且儿子的行为严重影响了赔偿协议的执行，那么当事人可以考虑通过法律途径来解决。例如，可以向法院提起诉讼，要求确认赔偿协议的效力并强制执行。在此过程中，可能需要提供证据证明赔偿协议的合法性、双方的意思表示真实以及儿子的阻碍行为等。

四、法律建议

1. 保留证据：在处理此类纠纷时，保留相关证据至关重要。这包括赔偿协议、沟通记录、医疗证明、证人证言等。这些证据将有助于在需要时证明赔偿协议的合法性和双方的意思表示。
2. 寻求专业帮助：如果家庭内部无法解决纠纷，或者纠纷涉及复杂的法律问题，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、协助起草法律文件、代表当事人进行诉讼等。

最后，虽然儿子的不同意不影响赔偿协议的效力，但可能引发家庭内部纠纷和执行难题。因此，建议家庭成员之间进行充分的沟通协商，并考虑寻求专业帮助以妥善处理此类纠纷。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。