针对您提出的“公司做的标书废标了，怎么赔偿当事人”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，废标后的赔偿问题并非一概而论，而是需要依据废标的具体原因、性质、严重程度，以及公司的规章制度和相关法律法规来综合考量。

一、责任认定

1. 调查废标原因：公司应首先全面深入地调查废标产生的具体原因，这包括但不限于工作人员的疏忽、对招标文件理解存在偏差，或是存在故意违规行为等。通过细致的调查，我们可以精准地确定责任归属和责任程度。

2. 确定责任人：在明确了废标原因后，公司需要细致梳理整个招投标流程，合理划分主要责任人和次要责任人。特别是在团队协作的项目中，各环节人员的责任需要得到明确的界定。

二、依据规章制度与法律法规

1. 查阅公司内部规定：公司应查阅员工手册、招投标管理办法等规章制度，明确废标责任及处罚的具体规定。这些规定应当符合国家法律法规的要求，确保处罚的合法性和合理性。

2. 法律合规性审查：在依据内部制度进行处罚时，公司必须确保所依据的制度合法合规。罚款金额不能过高，不能超出法律允许的范围，同时也不能因处罚导致员工的基本生活无法得到保障。此外，公司还应参照《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，确保处罚措施的合法性。

三、赔偿与处罚方式

1. 经济赔偿：

   • 如果废标给公司带来了直接的经济损失，公司可以根据责任人的过错程度，要求其按一定比例进行赔偿。但需要注意的是，赔偿金额应在员工可承受的范围内，且不能违反法律法规的规定。
   • 对于一般过失导致的废标，公司也可以酌情扣减责任人当月或当季度的绩效奖金，作为对其过失的一种经济惩罚。

2. 行政处分：

   • 对于情节较轻的废标事件，公司可以给予责任人书面警告或通报批评，以示警戒。
   • 如果废标情节严重、影响恶劣，公司可以考虑采取降职、降薪等更严厉的行政处分措施。
   • 在极端情况下，如责任人故意提供虚假投标材料导致废标，公司可以依法解除与其的劳动合同。

四、保障员工权利与申诉渠道

在处罚过程中，公司应与员工进行充分沟通，明确告知其处罚的依据和理由。同时，公司应设立合理的申诉渠道，认真听取员工的解释和意见，并根据实际情况进行复核和调整。这有助于维护员工的合法权益，避免不必要的纠纷和误解。

五、预防措施与建议

为了避免类似废标事件的再次发生，公司可以采取以下预防措施：

1. 加强员工培训：提高员工的业务素质和责任意识，特别是针对招投标流程的关键环节进行重点培训。

2. 完善内部审核机制：对招标文件、投标报价等关键环节进行严格把关，确保招投标活动的顺利进行。

3. 建立责任追究制度：明确各级人员的职责和权限，形成有效的责任追究机制，以便在出现问题时能够迅速找到责任人并采取相应的处理措施。

综上所述，公司在处理废标责任人时，应综合考虑多种因素，确保处罚措施的合法性和合理性。同时，通过加强员工培训、完善内部审核机制和建立责任追究制度等预防措施，降低废标风险，维护公司的利益和声誉。