结论前置：用人单位不能直接以工资抵扣员工拖欠的培训费，除非双方有明确约定且该约定不违反法律规定。在大多数情况下，用人单位需通过合法途径追讨培训费，而非直接从工资中扣除。

法律背景与原则

根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条的规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。若劳动者违反服务期约定，应当按照约定向用人单位支付违约金，但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。这一规定明确了用人单位在特定条件下可以要求劳动者赔偿培训费，但并未授权用人单位直接以工资抵扣培训费。

合法要求赔偿培训费的条件

1. 出资培训：用人单位必须实际支付了专项培训费用，且培训应为提高职工某项技能的专业类型培训，不包括上岗培训或日常业务培训。用人单位需能提供支付培训费用的凭证，如学费发票、培训合同等。

2. 服务期约定：用人单位与劳动者之间必须有关于服务期的明确书面约定。若劳动者在服务期内提出辞职，则可能需按约定赔偿培训费。但赔偿金额应根据服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用来计算，而非全额赔偿。

3. 员工单方面解除劳动关系：通常只有在员工单方面提出解除劳动关系时，用人单位才能要求赔偿培训费。若劳动者在符合法律法规或合同约定的情况下解除劳动合同（如用人单位违法、未按时支付工资等），则无需赔偿培训费。

禁止直接以工资抵扣培训费的原因

1. 工资支付义务：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，用人单位直接以工资抵扣培训费可能构成克扣工资，违反法律规定。

2. 合同条款合法性：即使双方在劳动合同或培训协议中约定了以工资抵扣培训费的条款，该条款也可能因违反相关法律法规而无效。例如，若该条款导致劳动者工资低于当地最低工资标准，则该条款无效。

合法追讨培训费的途径

若用人单位认为员工应赔偿培训费，且满足上述条件，应通过以下合法途径追讨：

1. 协商：与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。

2. 调解：在劳动争议调解组织的主持下进行调解，达成调解协议。

3. 仲裁：向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，由仲裁委员会作出裁决。

4. 诉讼：若对仲裁裁决不服，可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。

实际操作建议

1. 完善合同条款：在签订劳动合同时，应明确约定培训费、服务期及赔偿条款，确保条款合法有效。

2. 保留证据：用人单位应妥善保管支付培训费用的凭证、培训合同、服务期约定等证据，以便在追讨培训费时提供有力支持。

3. 合法维权：在追讨培训费时，用人单位应遵守相关法律法规，不得采取非法手段（如直接以工资抵扣）进行维权。

总结：用人单位不能直接以工资抵扣员工拖欠的培训费。在追讨培训费时，用人单位应遵守相关法律法规，通过合法途径进行维权。若您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。