违建不会因未被发现两年后而自动消除或合法化，无论时间过去多久，未经合法程序处理的违法建筑始终是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律依据明确
行政处罚时效性：
- 根据《行政处罚法》（2021年修订）第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，原则上不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年。但这一规定仅针对行政处罚的时效性，并不直接决定违建的合法性或拆除问题。
- 违法建筑的状态被视为具有继续状态，即只要违法建筑存在，就视为违法行为一直在持续。因此，行政机关有权在任何时候对违建进行查处和处理。
违建的违法性：
- 根据《土地管理法》、《城乡规划法》等相关法律法规，未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设的建筑物或构筑物，均属于违章建筑。这种违法性不会因时间的推移而自动消除。
违建的持续性与处理
持续状态：
- 违法建筑的存在本身违反了城乡规划等相关法律法规，损害了公共利益，影响了城乡规划的实施。因此，即使违建超过了行政处罚的二年时效，其违法性依然存在，不受时间限制。
处理措施：
- 相关部门有权依据《城乡规划法》等法律法规，对确认的违建进行拆除，以保障公共安全和规划的严肃性。实际处理中，即便违法建筑超过两年未被发现和查处，一旦被相关部门发现，仍可进行处理，包括但不限于责令停止建设、限期改正、限期拆除、没收实物或违法收入，并处罚款等。
法律建议与风险提示
严格遵守法律法规：
- 鉴于违建不会自动合法化的法律原则，建议公众严格遵守相关法律法规，不进行违法建设行为。
及时处理违建：
- 对于已经存在的违建情况，建议尽快咨询相关部门，了解具体的法律要求和处理程序，并按照法定程序进行整改或拆除，以避免可能的法律后果。
风险警示：
- 违建不仅可能面临被拆除的风险，还可能因违反相关法律法规而面临罚款、没收等处罚。此外，违建还可能影响房屋的产权登记、转让、抵押等法律行为，给业主带来不必要的麻烦和损失。
举例说明：假设某业主在未经许可的情况下在自家院子里搭建了一座小屋，这座小屋属于违法建筑。即使这座小屋已经存在了两年以上且未被相关部门发现，但一旦被发现，相关部门仍有权依据相关法律法规要求业主拆除该小屋，并可能面临罚款等处罚。
综上所述，违建不会因时间的流逝而变为合法，其违法性质始终存在。因此，无论是为了避免法律风险还是维护社会秩序，都应坚决杜绝违法建设行为，并对已存在的违建进行及时、合法的处理。如果你有任何关于房产方面的法律问题，可以直接向我咨询。