结论：在欠条协议未写但有先转账给债权人的情况下，转账金额是否应从债务总额中扣除，需根据转账的性质和目的来判断。若转账是作为债务的偿还，则应从债务总额中扣除；若转账是作为其他用途，如借款前的资金往来、定金或预付款等，则可能不直接扣除债务总额，需结合具体情况和证据来判断。
分析说明：
转账作为债务偿还的情况：
- 如果双方有明确的口头或书面约定（尽管欠条协议未正式签署），表明该转账是作为对之前债务的偿还，那么这笔转账应当从债务总额中扣除。
- 在这种情况下，转账记录、聊天记录、通话录音等证据都可以作为证明转账目的和性质的依据。
转账作为其他用途的情况：
- 借款前的资金往来：如果转账发生在借款之前，且双方没有明确约定该转账与后续借款的关系，那么这笔转账通常不会被视为对债务的偿还，因此不会从债务总额中扣除。
- 定金或预付款：如果转账是作为定金或预付款，且双方有明确的约定表明这笔款项与后续债务的处理方式（如是否抵扣、如何抵扣等），那么应按照约定来处理。若没有约定或约定不明确，则可能需要根据交易习惯或公平原则来判断。
- 其他非偿还性质的转账：如果转账与债务偿还无关，如赠与、投资、合作款项等，那么这笔转账显然不会从债务总额中扣除。
法律建议：
- 收集证据：无论转账的性质如何，都建议收集并保存所有与转账相关的证据，如转账记录、聊天记录、通话录音等。这些证据在后续可能出现的纠纷中将起到关键作用。
- 明确约定：为了避免类似的纠纷，建议在未来的交易中明确约定转账的性质和目的，并尽可能签署书面协议。这样可以在发生纠纷时提供明确的法律依据。
- 咨询专业律师：如果对于转账的性质和目的存在争议，或者无法确定是否应从债务总额中扣除，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
可能后果：
- 如果未能明确转账的性质和目的，且没有足够的证据来支持自己的主张，那么在纠纷中可能处于不利地位。
- 如果错误地认为转账应当从债务总额中扣除，而实际上并不符合扣除的条件，那么可能会面临债务未完全偿还的法律责任。
因此，在处理此类问题时，务必谨慎对待转账的性质和目的，并尽可能收集和保存相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。