在处理欠条纠纷时，被告欠条中的金额是否应减去原告应付的还款，这主要取决于双方之间的债权债务关系以及具体的法律事实。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、债权债务关系的独立性
独立债权债务：如果原告和被告之间的债权债务关系是独立的，即原告对被告的债权与被告对原告的债权（或原告应付的还款）没有直接的关联或抵销关系，那么被告欠条中的金额通常不应直接减去原告应付的还款。在这种情况下，双方应分别就各自的债权债务进行主张和清偿。
存在抵销关系：如果双方之间的债权债务关系存在抵销的可能性，即原告对被告的债权与被告对原告的债权（或原告应付的还款）在性质、金额和履行期限等方面符合法律规定的抵销条件，那么被告可以在诉讼中主张抵销。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。
二、法律事实和证据
证据充分性：无论双方之间的债权债务关系是否独立，或者是否存在抵销关系，都需要有充分的证据来支持各自的主张。这包括欠条、还款凭证、合同、聊天记录等能够证明债权债务关系存在和具体金额的证据。
法律程序：在诉讼过程中，双方应按照法律程序进行举证、质证和辩论。法院将根据双方提供的证据和法律规定，对债权债务关系进行认定，并作出相应的判决。
三、实际操作建议
协商解决：在诉讼前或诉讼过程中，双方可以尝试通过协商解决纠纷。如果双方能够就债权债务关系达成一致意见，并签订书面协议，那么可以避免诉讼带来的时间和成本消耗。
寻求法律帮助：如果双方无法就债权债务关系达成一致意见，或者对法律程序不熟悉，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助当事人维护自己的合法权益。
具体到您的案例，如果被告认为原告应付的还款应从欠条金额中扣除，那么被告需要提供充分的证据来证明这一点，并在诉讼过程中主张抵销。如果法院认定双方之间的债权债务关系存在抵销关系，并且符合法律规定的抵销条件，那么法院可能会在判决中扣除相应的金额。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都是不同的，因此在处理类似纠纷时，应充分考虑案件的具体事实和法律规定。如果您对此类问题有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。