在建设工程纠纷中，若一方提出质量抗辩但未在诉讼程序中提出反诉，可分以下情况处理：

1. 若案件处于一审阶段且未过举证期限：

   • 法律建议：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人有权在举证期限内增加、变更诉讼请求或提出反诉。若您作为被告方，发现工程质量存在问题且需通过反诉主张权利（如要求修复、赔偿损失等），应立即向法院提交书面反诉状，并附相关证据材料。法院将合并审理本诉与反诉，避免后续程序重复。
   • 操作要点：反诉状需明确反诉请求、事实与理由，并与本诉存在法律上的牵连关系（如基于同一合同或工程事实）。若举证期限已过，可尝试申请延期举证，但需说明合理理由。

2. 若案件已过举证期限或进入二审阶段：

   • 法律后果：根据《民事诉讼法司法解释》第232条，反诉应在一审法庭辩论终结前提出。若未提出，二审中原则上不得新增反诉请求，但可就一审未主张的质量抗辩进行答辩，要求对方承担质量责任（如减少价款、赔偿损失等）。
   • 替代方案：若二审中确需主张质量责任，可与对方协商调解，或通过另行起诉解决。例如，若工程已验收但存在隐蔽质量问题，您可收集新证据后，以“建设工程施工合同纠纷”为案由另行起诉，要求对方承担修复费用或赔偿损失。

3. 若质量抗辩仅作为答辩理由，未提出独立请求：

   • 法律效果：质量抗辩可作为反驳对方诉讼请求的依据，但不产生独立诉权。例如，若对方起诉要求支付工程款，您以“工程质量不合格”抗辩，法院可能判决减少价款或驳回对方部分请求，但您无法通过抗辩直接获得赔偿或修复费用。
   • 风险提示：若质量抗辩涉及重大利益（如修复费用远超工程款），未提出反诉可能导致您丧失主动主张权利的机会。建议根据案件具体情况，评估是否需通过反诉或另行起诉维护权益。

补充建议：

• 证据收集：无论是否提出反诉，均需保留工程质量问题的证据（如检测报告、照片、视频、往来函件等），以支持您的主张。
• 程序选择：若案件复杂或涉及金额较大，建议委托专业律师协助分析诉讼策略，避免因程序瑕疵导致权利受损。

如有进一步疑问或需具体方案，可直接向我咨询，我将结合案情为您提供详细解答。