下游公司发出的函证一般不可以不理会。以下从不同角度为你详细分析：

函证的性质与目的

函证是下游公司为了核实与贵公司之间业务往来、债权债务等事项的真实性、准确性而发出的书面确认文件。其目的在于确保双方在相关交易或事项上的记录一致，避免潜在的纠纷和误解。如果贵公司不理会函证，可能会被下游公司认为贵公司对函证内容存在异议或者不配合，这可能引发下游公司采取进一步的措施来维护自身权益。

法律层面的考量

1. 合同义务角度：如果贵公司与下游公司之间存在合同关系，且合同中明确规定了双方在业务往来中有相互确认、核实相关事项的义务，那么不理会函证可能构成违约行为。下游公司有权依据合同约定要求贵公司承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
2. 证据效力角度：函证作为一种书面证据，在后续可能出现的纠纷解决过程中具有重要的证明力。如果贵公司不理会函证，下游公司可能会将此视为贵公司对函证内容的默认或者无法反驳，从而在诉讼或仲裁中占据有利地位。

商业信誉与合作关系角度

不理会下游公司的函证可能会对贵公司的商业信誉产生负面影响。下游公司可能会认为贵公司缺乏诚信、不重视合作关系，进而影响双方未来的业务合作。在商业竞争中，良好的商业信誉和稳定的合作关系是企业发展的重要基石，因此不理会函证可能会给贵公司带来潜在的商业损失。

建议处理方式

1. 及时回复：贵公司应在收到函证后，及时对函证内容进行核实，并在合理期限内给予回复。回复内容应真实、准确、完整，避免模糊不清或误导性陈述。
2. 沟通协商：如果贵公司对函证内容存在异议或者需要进一步了解相关情况，应及时与下游公司进行沟通协商。通过友好协商，双方可以达成共识，避免不必要的纠纷和损失。
3. 保留证据：在回复函证和沟通协商过程中，贵公司应妥善保留相关证据，如函证原件、回复函件、沟通记录等。这些证据在后续可能出现的纠纷解决过程中将发挥重要作用。

如果贵公司对下游公司发出的函证有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。