针对您提出的“上游企业不配合回函怎么办”的问题，这是一个在公司法务，特别是经营管理过程中可能遇到的常见问题。以下是我从多个角度为您分析并给出的建议：
一、法律背景与合同条款审查
合同条款：首先，您需要审查与上游企业签订的合同，看其中是否明确规定了回函的义务、时间、方式以及未履行该义务的违约责任。如果合同中有明确规定，那么上游企业不配合回函就构成了违约，您可以依据合同条款采取相应的法律措施。
法律规定：即使合同中没有明确规定，根据《民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循诚实信用原则，履行各自的义务。上游企业不配合回函可能违反了这一原则，您可以在此基础上主张自己的权益。
二、沟通与协商
友好沟通：在采取法律措施之前，我建议您先尝试与上游企业进行友好沟通，了解其不配合回函的具体原因。可能是对方内部流程问题、人员变动或是其他误解导致的。通过沟通，您可以尝试解决问题，达成共识。
书面催告：如果沟通无果，您可以向上游企业发送书面催告函，明确要求其履行回函义务，并设定合理的期限。书面催告函可以作为后续法律措施的证据。
三、法律措施与救济途径
发送律师函：如果上游企业仍然不配合，您可以委托律师发送律师函，正式警告其履行义务，并告知不履行的法律后果。律师函通常具有更强的威慑力。
提起诉讼或仲裁：在律师函发出后，如果上游企业仍然置之不理，您可以考虑向法院提起诉讼或依据合同中的仲裁条款申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，您可以要求上游企业承担违约责任，包括赔偿损失等。
申请证据保全：在诉讼或仲裁前，如果担心上游企业可能销毁或篡改相关证据，您可以向法院申请证据保全，确保关键证据的完整性和真实性。
四、后续行动与预防措施
完善合同条款：为了避免类似情况再次发生，我建议您在未来的合同中明确规定回函的义务、时间、方式以及违约责任，以便在出现问题时有明确的法律依据。
建立沟通机制：与上游企业建立定期的沟通机制，确保双方信息的及时传递和问题的及时解决。这有助于减少误解和冲突，维护良好的合作关系。
多元化供应商策略：考虑与多家上游企业建立合作关系，分散风险。这样，即使某家上游企业不配合，您也可以迅速转向其他供应商，确保业务的连续性。
综上所述，面对上游企业不配合回函的情况，您可以从法律背景与合同条款审查、沟通与协商、法律措施与救济途径以及后续行动与预防措施等多个角度入手，全面维护自己的权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。