在民事诉讼案件中，当事人申请鉴定并不需要经过对方当事人的同意。以下是对此问题的详细分析：
一、当事人申请鉴定的权利与程序
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第七十九条及《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的相关规定，当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。这一权利的行使并不依赖于对方当事人的同意。在申请鉴定时，双方当事人应首先协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，则由人民法院指定。这一程序确保了鉴定人的选择既尊重了双方当事人的意愿，又在无法协商一致时提供了解决方案。
举例说明：在医疗损害责任纠纷中，患者若认为医疗机构存在医疗过错，可自行向法院申请相关鉴定，无需医疗机构同意。患者申请鉴定后，双方可协商确定鉴定机构，协商不成的，由法院指定。
二、法院依职权委托鉴定的情形
除了当事人申请鉴定外，法院在认为必要时也可以依职权委托鉴定。这通常发生在案件涉及专门性问题，且该问题的解决对案件事实查明至关重要时。例如，在建设工程施工合同纠纷案件中，若涉及工程质量问题，法院为查明事实可依职权决定进行鉴定，无需双方当事人同意。但法院在启动依职权鉴定时会受到严格限制，确保程序的合法性和正当性。
三、当事人申请重新鉴定的权利
在诉讼过程中，如果当事人对已有的鉴定意见存在异议，他有权向法院提出重新鉴定的申请。这一权利的行使同样不依赖于对方当事人的同意。法院将作为中立第三方，对申请进行审查，并根据法律规定和案件具体情况作出是否准许的决定。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四十条，以下情形可以作为申请重新鉴定的依据：
四、当事人的权利与法院的考量
尽管司法鉴定的启动不完全依赖双方当事人同意，但当事人在鉴定过程中仍享有诸多权利，如对鉴定机构的选择提出意见、监督鉴定过程以及对鉴定结论进行质证等。法院在决定是否进行司法鉴定时，会综合考虑案件的具体情况、双方当事人的合法权益以及诉讼效率等因素，以确保整个过程的公正、公平和合法。
五、实际操作中的透明性与公正性
在实际操作中，法院通常会尽量征求双方当事人的意见，以提高程序的透明性和公正性。若双方当事人能就司法鉴定事项达成一致意见，这将有助于减少争议并提高诉讼效率。然而，即使双方当事人无法达成一致意见，法院也有权根据案件需要决定进行鉴定，并指定具备资格的鉴定人进行鉴定。
总结：在民事诉讼案件中，当事人申请鉴定并不需要经过对方当事人的同意。法院在决定是否进行司法鉴定时具有较大的裁量权，但同时也需遵循相关法律法规和司法解释的规定，确保整个过程的合法性和正当性。同时，当事人也享有在鉴定过程中的各项权利，可对鉴定结论进行质证和辩论，以维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。