厂房租客单独签订的拆迁协议是否有效，需分情况讨论，具体如下：

1. 若租客经房东明确授权签订拆迁协议
   根据《民法典》第162条，代理人在代理权限内以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。若房东出具书面授权委托书，明确授权租客代为签订拆迁协议，则协议直接约束房东与拆迁方，租客作为代理人无需承担协议权利义务，协议有效。

2. 若租客未经授权擅自签订拆迁协议

   • 协议效力待定：根据《民法典》第171条，行为人无代理权仍实施代理行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。此时协议效力取决于房东是否追认：若房东事后书面认可或实际履行协议（如领取补偿款），则协议有效；若房东拒绝追认，则协议自始无效，租客可能需承担缔约过失责任。
     
   • 表见代理的例外：若拆迁方有理由相信租客有代理权（如租客长期代管厂房、持有房东印章等），且房东未及时否认，根据《民法典》第172条，可能构成表见代理，协议仍对房东有效，但房东可向租客追偿因表见代理造成的损失。

3. 若租客以自身名义签订拆迁协议

   • 协议主体不适格：拆迁补偿对象通常为产权人（房东），租客仅享有租赁权，无权直接主张产权补偿。若协议内容涉及产权置换、停产停业损失等需产权人资格的条款，租客签订的协议可能因主体不适格被认定无效。
     
   • 租赁权益可另行主张：租客可依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第17条，就装修装饰、搬迁费用、临时安置等实际损失与房东协商补偿，或通过租赁合同纠纷诉讼解决，但此与拆迁协议效力无关。

实务建议：

• 租客应要求房东出具书面授权委托书，明确代理权限（如签订协议、领取补偿款等），避免无权代理风险；
  
• 若房东拒绝授权，租客可与拆迁方协商将补偿款直接支付至房东账户，再由房东按租赁合同约定分配；
  
• 协议签订前，建议双方共同核对补偿项目清单，确保租客的装修、设备等实际投入被合理计入，避免后续纠纷。
  

如需进一步分析具体协议条款或补偿方案，可直接向我咨询。