结论：不可以以单位有紧急工作处理扣除耽误时间作为超期一年申请工伤认定的理由。
法律背景与解释：
根据《工伤保险条例》第十七条的规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。但这里的“特殊情况”并不包括单位因紧急工作处理而扣除耽误时间这一情形。
如果用人单位未在规定的时限内提交工伤认定申请，那么在此期间发生的符合本条例规定的工伤待遇等有关费用，将由该用人单位负担。同时，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这一年的期限是法定的，且没有规定可以因单位紧急工作处理等情形而延长。
法律建议：
及时申请：如果发生了工伤事故，用人单位应尽快在规定的30日内向社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果因特殊情况无法及时申请，应尽快与社会保险行政部门沟通，看是否可以延长申请时限。
职工自行申请：如果用人单位未在规定时限内提出工伤认定申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织应在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
保留证据：在申请工伤认定时，应提供充分的证据来证明工伤事故的发生以及与工作的关联性。这包括但不限于医疗证明、工作记录、同事证言等。
可能的法律后果：
如果超过了法定的申请时限，且没有法定理由（如不可抗力等）导致无法申请，那么社会保险行政部门将可能不予受理工伤认定申请。这意味着工伤职工可能无法享受到工伤保险的相关待遇，而需要由用人单位或者工伤职工自己承担相关费用。
因此，单位不能以有紧急工作处理扣除耽误时间作为超期一年申请工伤认定的理由。如果发生了工伤事故，应尽快按照法定程序进行工伤认定申请，以保障工伤职工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。