结论：合作协议中约定仲裁条款，并不影响当事人通过起诉来认定劳务关系，但需注意仲裁条款的效力范围及可能引发的法律程序问题。以下从多个角度进行分析：
一、仲裁条款与起诉认定劳务关系的关系
仲裁条款的独立性：
- 仲裁条款是合同双方约定将争议提交仲裁机构进行裁决的条款，它具有相对独立性。即使合同中存在仲裁条款，也并不意味着所有与合同相关的争议都必须通过仲裁解决。
- 仲裁条款通常针对的是合同履行过程中产生的争议，如合同解释、履行、变更、终止等。然而，对于合同性质（如是否构成劳务关系）的认定，可能并不完全受仲裁条款的约束。
起诉认定劳务关系的可能性：
- 劳务关系的认定通常涉及对双方权利义务、工作内容、报酬支付等方面的综合判断。这些判断可能不仅仅基于合同条款，还可能涉及实际履行情况、行业惯例、法律法规等。
- 如果当事人对劳务关系的存在或性质存在争议，且该争议不属于仲裁条款明确约定的仲裁范围，或者双方对仲裁条款的效力存在争议，那么当事人有权向法院提起诉讼，请求法院对劳务关系进行认定。
二、可能引发的法律程序问题
仲裁条款的效力争议：
- 如果一方认为仲裁条款有效，而另一方认为无效或认为争议不属于仲裁范围，那么可能引发仲裁条款效力的争议。这种情况下，通常需要先通过法律程序（如申请确认仲裁协议效力）来确定仲裁条款的效力。
仲裁与诉讼的衔接：
- 如果仲裁条款被认定为有效，且争议属于仲裁范围，那么当事人应当通过仲裁解决争议。但如果仲裁裁决后，当事人对裁决结果不服，或者认为仲裁程序存在违法情形，那么可能还需要通过诉讼程序（如申请撤销仲裁裁决或申请不予执行仲裁裁决）来寻求救济。
- 如果仲裁条款被认定为无效或争议不属于仲裁范围，那么当事人可以直接向法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将对劳务关系进行认定，并作出相应的判决。
三、法律建议
仔细审查合同条款：
- 在签订合作协议时，双方应仔细审查合同条款，特别是仲裁条款的约定。确保仲裁条款明确、具体，且符合法律法规的规定。
明确争议解决方式：
- 如果双方希望将争议提交仲裁解决，那么应在合同中明确约定仲裁机构、仲裁规则、仲裁地点等关键信息。同时，也应明确仲裁条款的效力范围，避免产生争议。
及时寻求法律帮助：
- 如果当事人对劳务关系的认定或仲裁条款的效力存在争议，应及时寻求专业律师的帮助。律师将根据具体情况提供法律意见，并协助当事人通过合适的法律程序解决争议。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。