协议结束3个月后再提出异议是否有效，这主要取决于协议中的具体约定以及异议的性质和法律依据。以下从几个不同角度进行分析：
协议中有明确约定异议提出期限的情况：
- 如果协议中明确规定了提出异议的期限，并且该期限已经届满，那么通常情况下，超过该期限再提出异议将不被视为有效。这是因为协议是双方自愿达成的，对双方均具有法律约束力，双方应当遵守协议中的各项约定。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。如果协议中明确规定了异议提出期限，那么超过该期限提出异议，将可能被视为违约行为，对方有权拒绝接受。
协议中没有明确约定异议提出期限的情况：
- 如果协议中没有明确规定提出异议的期限，那么根据法律规定和一般商业实践，异议的提出应当遵循合理期限的原则。即，异议应当在发现或应当发现异议事项后的合理时间内提出。
- 合理期限的判断：合理期限的具体长度可能因情况而异，需要考虑多种因素，如异议事项的性质、影响程度、双方交易习惯等。如果3个月的时间被认定为合理期限内，那么提出异议可能是有效的；反之，则可能被视为无效。
- 法律依据：虽然具体法律条款可能并未直接规定“合理期限”的具体长度，但根据《中华人民共和国民法典》中关于诚实信用原则和公平原则的规定，可以推断出双方在交易中应当遵循合理期限的原则。
异议的性质和法律依据：
- 异议的性质和法律依据也是影响其有效性的重要因素。如果异议是基于协议中的明确条款或法律规定提出的，并且符合相关程序要求，那么即使超过了一定的时间期限，也可能被视为有效。
- 例如：如果异议是关于协议中的欺诈、胁迫等违法行为的，那么根据法律规定，受损害方有权在发现违法行为后的一定时间内提出异议，并请求撤销或变更协议。这种情况下，即使超过了协议中约定的异议提出期限，也可能因为法律规定的特殊保护而有效。
建议：
- 在提出异议前，先仔细审查协议中的相关条款，了解异议提出的期限和程序要求。
- 如果协议中没有明确规定异议提出期限，或者对期限的理解存在争议，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
- 在提出异议时，应当确保异议的内容明确、具体，并且符合相关法律规定和程序要求。
总结来说，协议结束3个月后再提出异议是否有效，需要根据协议中的具体约定、异议的性质和法律依据以及合理期限的判断来综合确定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。