针对您提出的“一审司法鉴定意见程序违法二审能否发回重审以及如何处理”的问题，我将结合相关法律法规和司法实践，为您进行详细解答。
一、一审司法鉴定意见程序违法，二审能否发回重审？
结论前置：若一审司法鉴定意见程序存在严重违法，且该违法程序影响了案件的公正审理或鉴定意见的准确性，二审法院在审查后，确实有可能裁定撤销原判决，将案件发回原审法院重新审理。
详细解析：
程序违法的定义：程序违法是指在司法审判过程中，法院未按照法律规定的程序进行审理，包括但不限于鉴定程序。这种违法可能影响了案件的公正性和判决结果的正确性。
发回重审的法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》、《中华人民共和国刑事诉讼法》以及《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，若二审法院发现一审法院存在严重违反法定程序的情形，如鉴定程序违法，且该违法程序影响了案件的公正审理，二审法院应当裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。
程序违法与发回重审的关系：并非所有程序违法都会导致发回重审。二审法院会根据程序违法的严重程度和对案件公正审理的影响来决定是否发回重审。如果程序违法并未影响案件的公正审理，或者可以通过其他方式进行补救，二审法院可能会选择直接改判或维持原判。
二、若二审发回重审，应如何处理？
处理流程与要求：
重新组成合议庭：原审人民法院在接到发回重审的裁定后，应当另行组成合议庭进行审理，以避免原审合议庭成员可能存在的先入为主或其他影响公正审判的因素。
全面审查案件：重审时，法院应当对案件进行全面审查，包括对事实认定、证据采信、法律适用以及审判程序等各个方面进行重新审视和判断。特别是针对一审鉴定意见的程序违法问题，应进行重点审查，确保鉴定程序的合法性和鉴定意见的准确性。
保障当事人诉讼权利：在重审过程中，应充分保障当事人的各项诉讼权利，特别是原审中因程序违法而受到影响的权利，如辩论权、陈述权、举证权等。给予当事人充分的补救和保障，确保其能够充分参与诉讼过程，维护自身合法权益。
遵守法定审理期限：重审案件也应严格遵守法定的审理期限，提高司法效率，及时维护当事人的合法权益。避免案件因程序问题而长时间拖延，造成不必要的司法资源浪费和当事人负担。
三、关于一审鉴定与二审重新鉴定的特别说明
在涉及一审鉴定与二审重新鉴定的问题上，若二审法院认为一审鉴定意见存在程序违法或依据不足等问题，且满足法定重新鉴定条件（如鉴定机构或人员资质问题、鉴定程序严重违法、鉴定意见依据不足等），二审法院有权决定或根据当事人申请进行重新鉴定。但重新鉴定并不必然导致一审判决结果的改变，法院的判决仍应基于全案的证据和事实进行综合判断。
总结与建议：
若一审司法鉴定意见程序存在违法，且该违法程序影响了案件的公正审理或鉴定意见的准确性，二审法院在审查后有可能裁定撤销原判决，将案件发回原审法院重新审理。在重审过程中，原审法院应严格按照法律法规执行，确保每个环节的合法性和规范性，充分保障当事人的诉讼权利，提高司法效率。同时，当事人在考虑申请重新鉴定时，应仔细评估自身情况是否符合相关法律规定，并咨询专业律师以获取更准确的法律建议和指导。