针对您提出的“司法鉴定程序违法，再审怎么处理”的问题，这是一个涉及司法公正和程序合法性的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、识别司法鉴定程序违法
首先，需要明确的是，司法鉴定程序违法可能涉及多个方面，如鉴定机构或鉴定人员不具备相关资格、鉴定程序严重违反法定步骤、鉴定结论明显依据不足等。这些违法行为都可能影响鉴定意见的公正性和准确性，进而对案件的判决结果产生重大影响。
二、再审中的处理途径
在再审过程中，如果发现司法鉴定程序存在违法情形，当事人可以采取以下途径来维护自身权益：
申请重新鉴定：
- 法律依据：根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四十条，当事人有权在鉴定程序违法的情况下申请重新鉴定。
- 操作流程：当事人应在收到鉴定报告后的合理期限内，以书面形式向负责鉴定的司法机关提出重新鉴定申请，并详细阐述原鉴定程序违法的具体情况，附上相关证据材料。
要求退还鉴定费用：
- 法律依据：同样基于上述规定，若鉴定程序违法导致鉴定意见无效，当事人有权要求鉴定部门退还已收取的鉴定费用。
- 执行措施：若鉴定机构拒不退还，当事人可通过法律途径申请强制执行。
向相关部门投诉：
- 投诉渠道：当事人可向鉴定机构本身或其主管部门（如司法行政机关）投诉，对于属于行业协会管理的鉴定领域，还可向对应行业协会反映问题。
- 投诉内容：投诉时应准备详细的投诉材料，包括鉴定报告复印件、证明鉴定程序违法的证据等。
在再审中提出异议：
- 质证环节：在再审的质证环节，当事人及其代理人应围绕鉴定程序的合法性进行质证，通过询问鉴定人揭示鉴定程序中的违法行为。
- 法庭判断：法庭将根据质证情况，对鉴定意见的证明力作出正确判断。若鉴定程序违法，法庭可能不予采纳该鉴定意见。
寻求法律救济：
- 诉讼途径：若司法鉴定部门的违法行为给当事人造成了损失，当事人可通过诉讼方式寻求法律救济，要求违法方承担相应的法律责任。
- 举证要求：在诉讼中，当事人需提供充分证据证明鉴定部门的违法行为。
三、法院与检察院的监督作用
法院内部监督：
- 院长监督：各级人民法院院长对本院已生效的判决、裁定，若发现再审程序（包括司法鉴定程序）违法且认为需要再审，应提交审判委员会讨论决定。
- 上级法院监督：上级人民法院对下级人民法院已生效的判决、裁定，若发现再审程序违法，有权提审或指令下级人民法院再审。
检察院监督：
- 抗诉与检察建议：地方各级人民检察院对同级人民法院已生效的判决、裁定，若发现再审程序违法，可向同级人民法院提出检察建议，并报上级人民检察院备案；也可提请上级人民检察院向同级人民法院提出抗诉。
四、总结与建议
面对司法鉴定程序违法的情况，在再审过程中，当事人应充分利用法律赋予的权利和途径，积极维护自身合法权益。同时，法院和检察院也应加强监督作用，确保再审程序的公正性和合法性。对于司法鉴定机构及人员的违法行为，相关部门应依法进行查处和处罚，以维护司法鉴定行业的公正性和权威性。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。