公司私自在离职申请表上填写离职原因，这一行为是否违法，需要分情况讨论：

1. 若离职申请表已由员工填写并提交，公司后续未经员工同意私自修改：

   • 这一行为是违法的。离职申请表作为员工表达离职意愿及离职原因的重要文件，其内容的真实性和完整性应当得到保障。公司未经员工同意，私自修改离职原因，可能侵犯了员工的合法权益，如名誉权、隐私权等，同时也可能影响员工后续的就业和社保等权益。在这种情况下，员工有权要求公司恢复原状，并可能因此遭受的损失向公司主张赔偿。

2. 若离职申请表尚未由员工填写，公司提前填写或代填：

   • 这一行为同样存在问题，但违法性需结合具体情况判断。如果公司未经员工同意，擅自填写离职原因，并试图以此作为员工离职的依据，这可能构成对员工意愿的强制干预，违反了劳动法的相关规定。劳动法强调保护劳动者的合法权益，包括劳动者的离职意愿和离职原因的表达权。公司应当尊重员工的离职意愿，并允许员工自主填写离职申请表。如果公司因此给员工造成损失，员工同样有权要求公司承担赔偿责任。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，劳动者有权自主选择职业，包括离职的意愿和离职原因的表达。公司作为用人单位，应当尊重劳动者的合法权益，不得侵犯劳动者的名誉权、隐私权等。同时，公司也不得通过不正当手段干预劳动者的离职意愿和离职原因的表达。

• 建议：如果你发现公司私自在离职申请表上填写了离职原因，且该原因与你的实际意愿不符，你可以首先与公司进行沟通，要求公司更正离职原因。如果公司拒绝更正或给你造成了损失，你可以考虑向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果公司因私自填写离职原因而侵犯了员工的合法权益，公司可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。同时，公司还可能因侵权行为而承担民事赔偿责任，赔偿员工因此遭受的损失。

总之，公司私自在离职申请表上填写离职原因的行为，无论是否已经员工提交，都可能存在违法性。如果你遇到此类情况，建议及时与公司沟通并寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。