关于第三人善意取得的抵押权能否阻却人民法院判决撤销房屋所有权登记的问题，结论需分情况讨论：
若第三人善意取得抵押权且符合法定条件，通常可阻却撤销房屋所有权登记
- 法律依据：根据《民法典》第三百一十一条规定，无处分权人将不动产或者动产转让给受让人的，所有权人有权追回；但受让人受让该不动产或者动产时是善意、以合理的价格转让，并且已经登记的，受让人取得该不动产或者动产的所有权。这一原则同样适用于抵押权的设立，即如果第三人善意取得抵押权，且符合善意取得的构成要件（善意、有偿、已登记），则其抵押权应受法律保护。
- 法律效果：在此情况下，即使原房屋所有权登记存在瑕疵或应被撤销，但因第三人已善意取得抵押权，且该抵押权已依法登记，具有公示公信效力，故人民法院在判决撤销房屋所有权登记时，需考虑保护善意第三人的合法权益，通常不会直接撤销已设立的抵押权登记，而是可能通过其他方式（如赔偿、补偿等）解决原所有权人与善意第三人之间的利益冲突。
若第三人取得抵押权存在恶意或不符合法定条件，则不能阻却撤销房屋所有权登记
- 恶意情形：如果第三人在取得抵押权时存在恶意（如明知房屋所有权存在争议或瑕疵仍故意受让），或者未以合理价格受让，或者未依法办理抵押权登记等，则其抵押权不受法律保护。
- 法律后果：在此情况下，如果人民法院经审理认为原房屋所有权登记存在错误或应被撤销，且第三人取得的抵押权不符合善意取得的构成要件，则人民法院有权判决撤销原房屋所有权登记，并同时撤销或确认无效第三人取得的抵押权登记。
特殊情况下的考量
- 利益平衡：在处理此类案件时，人民法院还需综合考虑各方当事人的利益平衡问题。例如，如果撤销房屋所有权登记会对善意第三人造成重大损失，而原所有权人仅存在轻微过错或无过错，则人民法院可能会倾向于保护善意第三人的利益，通过其他方式解决纠纷。
- 程序要求：此外，根据《民法典》及相关司法解释的规定，人民法院在审理此类案件时，还需遵循法定程序要求，如通知利害关系人参加诉讼、进行公告等，以确保案件的公正审理和各方当事人合法权益的充分保护。
法律建议：
- 对于原房屋所有权人而言，如果发现自己的房屋所有权登记被错误撤销或存在争议，应及时向人民法院提起诉讼或申请再审，以维护自己的合法权益。
- 对于善意第三人而言，在取得抵押权时务必确保自己符合善意取得的构成要件，并依法办理抵押权登记手续，以降低法律风险。
- 在处理此类纠纷时，各方当事人应积极配合人民法院的审理工作，提供充分证据证明自己的主张和事实依据，以便人民法院作出公正、合理的判决。
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